More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0975 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0975  transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  711    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.400141  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2901  LacI family transcription regulator  58.43 
 
 		 343 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244378  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0432  LacI family transcription regulator  60.76 
 
 		 343 aa  432  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4846  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.75 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.42 
 
 		 343 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  48.82 
 
 		 337 aa  327  2.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.32 
 
 		 345 aa  298  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.549737  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5477  transcriptional regulator, LacI family  43.39 
 
 		 344 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.225917 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.03 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5214  transcriptional regulator, LacI family  43.02 
 
 		 344 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.657938 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3105  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.24 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0253563  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.9 
 
 		 335 aa  133  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 		 346 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.07 
 
 		 335 aa  122  9e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 343 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  29.68 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  29.25 
 
 		 347 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 343 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.83 
 
 		 335 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  29.24 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  29.24 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  29.24 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  29.24 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  27.65 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  27.65 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  27.65 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  27.33 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  27.65 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.49 
 
 		 335 aa  114  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  27.99 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  27.71 
 
 		 333 aa  113  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  27.76 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  29.11 
 
 		 346 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  27.76 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  27.33 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  27.54 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  27.33 
 
 		 330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  27.67 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.81 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  27.03 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  27.67 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.81 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  27.57 
 
 		 338 aa  109  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  27.14 
 
 		 340 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  26.35 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3434  LacI family transcription regulator  28.99 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873255  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  25.88 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  27.73 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  29.32 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07020  transcriptional regulator, LacI family  28.3 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  27.19 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  29.58 
 
 		 361 aa  107  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.25 
 
 		 348 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  28.79 
 
 		 340 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  27.95 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.08 
 
 		 341 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.07 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.49 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  26.71 
 
 		 340 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  27.43 
 
 		 356 aa  105  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  28.15 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  27.81 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  27.25 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  27.49 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  26.91 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  24.21 
 
 		 327 aa  105  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.92 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  29.32 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  28.82 
 
 		 342 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  26.27 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.78 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.36 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  26.61 
 
 		 332 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  25.37 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  26.86 
 
 		 347 aa  102  8e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  27.91 
 
 		 357 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  24.85 
 
 		 344 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  27.41 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>