More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4764 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  714    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.549737  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  66.18 
 
 		 346 aa  491  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.29 
 
 		 343 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  50 
 
 		 337 aa  353  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4846  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.44 
 
 		 340 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5477  transcriptional regulator, LacI family  48.4 
 
 		 344 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.225917 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5214  transcriptional regulator, LacI family  47.81 
 
 		 344 aa  318  6e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.657938 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0975  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.400141  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0432  LacI family transcription regulator  42.68 
 
 		 343 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2901  LacI family transcription regulator  42.61 
 
 		 343 aa  280  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244378  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3105  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.58 
 
 		 334 aa  252  7e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0253563  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  30.61 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  28.28 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.15 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.82 
 
 		 330 aa  132  6.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  28.53 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.28 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  28.74 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  28.74 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  30.34 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.15 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  29.24 
 
 		 340 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.51 
 
 		 337 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  28.53 
 
 		 330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  28.24 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  28.53 
 
 		 330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  29.07 
 
 		 338 aa  126  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  28.3 
 
 		 341 aa  126  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  25.87 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  31.19 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  29.32 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  25.23 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  28.65 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 346 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  26.96 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.7 
 
 		 342 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  27.95 
 
 		 343 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  25.79 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 346 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 338 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  27.95 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  27.95 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  27.95 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  24.92 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  28.18 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.14 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  27.11 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  26.74 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  28.74 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.02 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  27.46 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13230  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.161567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  29.34 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  27.89 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.01 
 
 		 331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1087  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.978331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.83 
 
 		 335 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  28.26 
 
 		 338 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.86 
 
 		 347 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  27.73 
 
 		 331 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  28.86 
 
 		 341 aa  115  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  26.38 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.03 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  26.99 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.54 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.45 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  28.65 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  29.28 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  26.69 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  26.71 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.46 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.88 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  29.21 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  28.11 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  27.17 
 
 		 353 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  26.88 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>