More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0432 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0432  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 343 aa  711    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2901  LacI family transcription regulator  62.1 
 
 		 343 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244378  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0975  transcriptional regulator  60.76 
 
 		 344 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.400141  normal  0.376852 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4846  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.62 
 
 		 340 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.92 
 
 		 343 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  45.59 
 
 		 337 aa  307  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4764  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.68 
 
 		 345 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.549737  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5477  transcriptional regulator, LacI family  41.95 
 
 		 344 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.225917 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5214  transcriptional regulator, LacI family  41.38 
 
 		 344 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.657938 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.23 
 
 		 346 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.136757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3105  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.62 
 
 		 334 aa  209  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0253563  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  26.96 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  28.62 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  28.62 
 
 		 343 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  28.62 
 
 		 343 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  28.62 
 
 		 343 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  28.3 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  29.03 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  29.36 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 340 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  26.52 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.24 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.45 
 
 		 337 aa  112  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 343 aa  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  28.84 
 
 		 353 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1024  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.2 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  26.72 
 
 		 366 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.94 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13850  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  27.76 
 
 		 346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11580  transcriptional regulator, LacI family  28.49 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01228  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00348706  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  27.52 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  26.11 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.57 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  27.13 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  27.61 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  27.13 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 331 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  25.14 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  27.13 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  27.13 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1775  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 350 aa  106  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.443552 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  27.87 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  28.8 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  27.36 
 
 		 347 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  27.81 
 
 		 342 aa  105  8e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 346 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.25 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  26.65 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0696  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.477401 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  27.04 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  29.01 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  26.81 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  29.06 
 
 		 350 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0834  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  26.33 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  24.25 
 
 		 332 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1087  transcriptional regulator, LacI family  29.94 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.978331 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.66 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  28.13 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  26.98 
 
 		 346 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  30.55 
 
 		 341 aa  103  4e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.19 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1926  transcriptional regulator, LacI family  29.7 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 		 340 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  27.78 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  27.78 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  26.12 
 
 		 345 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1780  transcriptional regulator, LacI family  29.18 
 
 		 345 aa  103  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  25.76 
 
 		 336 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  25.74 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  25.68 
 
 		 357 aa  102  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  27.78 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.15 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  26.56 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  26.42 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  25.86 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  27.49 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  24.21 
 
 		 346 aa  101  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 342 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  25.22 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  27.3 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  27.78 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  21.96 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>