More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0862 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0862  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 187 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000987565  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0874  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 187 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0745968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4110  transcription elongation factor GreB  96.79 
 
 		 187 aa  349  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000102094  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0962  transcription elongation factor GreB  95.19 
 
 		 187 aa  343  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00012209  normal  0.571045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0523  transcription elongation factor GreB  95.19 
 
 		 187 aa  343  8e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000760648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1002  transcription elongation factor GreB  95.19 
 
 		 187 aa  343  8e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0052225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2396  transcription elongation factor GreB  94.65 
 
 		 187 aa  341  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1591  transcription elongation factor GreB  86.1 
 
 		 187 aa  330  8e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000320355  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0909  transcription elongation factor GreB  85.41 
 
 		 189 aa  323  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3081  transcription elongation factor GreB  83.78 
 
 		 189 aa  317  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0292072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0673  transcription elongation factor GreB  83.06 
 
 		 190 aa  310  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0253655  normal  0.983843 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3044  transcription elongation factor GreB  86.1 
 
 		 187 aa  310  9e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00484653  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2091  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1959  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.51931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0820  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3010  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998685  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2653  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0303907  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2944  transcription elongation factor GreB  85.56 
 
 		 187 aa  306  8e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0859  transcription elongation factor GreB  72.68 
 
 		 186 aa  267  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2152  transcription elongation factor GreB  72.13 
 
 		 187 aa  264  7e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000119957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2273  transcription elongation factor GreB  71.04 
 
 		 187 aa  262  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2470  transcription elongation factor GreB  71.58 
 
 		 188 aa  260  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0253654  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1950  transcription elongation factor GreB  71.04 
 
 		 187 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697488  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2723  transcription elongation factor  69.23 
 
 		 213 aa  257  7e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.503911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4332  transcription elongation factor GreB  62.96 
 
 		 190 aa  248  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.313941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0732  transcription elongation factor GreB  65.43 
 
 		 189 aa  245  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2023  transcription elongation factor GreB  64.17 
 
 		 188 aa  243  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.42605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1126  transcription elongation factor GreB  65.93 
 
 		 185 aa  240  7.999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.19101e-20  normal  0.833179 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0950  transcription elongation factor GreB  65.38 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380314  hitchhiker  0.0000173092 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3586  transcription elongation factor GreB  65.41 
 
 		 188 aa  232  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000687664  hitchhiker  0.00676969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1332  GreA/GreB family elongation factor  61.96 
 
 		 190 aa  232  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.294175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0865  transcription elongation factor GreB  64.84 
 
 		 186 aa  231  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494541  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1871  transcription elongation factor GreB  56.68 
 
 		 213 aa  225  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0165  transcription elongation factor GreB  58.01 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3150  GreA/GreB family elongation factor  60 
 
 		 187 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0520  transcription elongation factor GreB  60 
 
 		 187 aa  217  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.525146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0808  transcription elongation factor GreB  61.54 
 
 		 183 aa  211  4.9999999999999996e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.751815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1370  transcription elongation factor GreB  57.61 
 
 		 184 aa  209  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1075  transcription elongation factor GreB  61.11 
 
 		 166 aa  207  9e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0323  transcription elongation factor GreB  57.76 
 
 		 180 aa  191  4e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.276985 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0796  transcription elongation factor GreB  61.11 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.592088 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1753  GreA/GreB family elongation factor  53.66 
 
 		 165 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4579  GreA/GreB family elongation factor  48.91 
 
 		 212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.063222  normal  0.427466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0395  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 163 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0662581  normal  0.0531871 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1733  transcription elongation factor GreB  51.3 
 
 		 160 aa  161  6e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0896689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1441  GreA/GreB family elongation factor  43.45 
 
 		 182 aa  150  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1778  transcription elongation factor GreB  54.25 
 
 		 170 aa  149  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0114164  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3737  transcription elongation factor GreB  49.7 
 
 		 171 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1201  transcription elongation factor GreB  50.96 
 
 		 161 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0727535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2561  transcription elongation factor GreB  47.24 
 
 		 165 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.01679  hitchhiker  0.00000000000012211 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3785  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 158 aa  135  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1103  GreA/GreB family elongation factor  49.68 
 
 		 161 aa  135  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000308289  normal  0.0184015 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0307  transcription elongation factor GreB  48.05 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3603  transcription elongation factor GreB  48.05 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0307  transcription elongation factor GreB  48.05 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0482378 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3880  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 158 aa  134  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3687  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 158 aa  134  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.875681 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4712  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 158 aa  134  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.851369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4017  transcription elongation factor GreB  46.63 
 
 		 165 aa  134  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11479  normal  0.49805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03258  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 158 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03210  hypothetical protein  47.4 
 
 		 158 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00620  transcription elongation factor  49.04 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0196  transcription elongation factor GreB  48.37 
 
 		 155 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0150098  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3819  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  131  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4626  transcription elongation factor GreB  49.67 
 
 		 157 aa  131  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3454  transcription elongation factor GreB  48.39 
 
 		 162 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000036573 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6110  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 173 aa  131  6.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2295  transcription elongation factor GreB  48.17 
 
 		 168 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2315  transcription elongation factor GreB  47.74 
 
 		 162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3981  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0171  transcription elongation factor GreB  49.04 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1757  transcription elongation factor GreB  47.74 
 
 		 157 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000601316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23040  transcription elongation factor GreB  46.01 
 
 		 165 aa  129  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0107  transcription elongation factor GreB  46.71 
 
 		 158 aa  129  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27130  transcription elongation factor GreB  47.85 
 
 		 168 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1917  transcription elongation factor GreB  47.1 
 
 		 156 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107696  hitchhiker  0.0000000000204749 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1494  transcription elongation factor GreB  48.05 
 
 		 158 aa  128  5.0000000000000004e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3872  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3701  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3776  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3704  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3810  transcription elongation factor GreB  47.02 
 
 		 157 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0243  transcription elongation factor GreB  46.1 
 
 		 160 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2668  transcription elongation factor GreB  43.03 
 
 		 169 aa  124  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.049462  normal  0.0488826 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1235  GreA/GreB family elongation factor  47.02 
 
 		 157 aa  123  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4966  transcription elongation factor GreB  47.4 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0323  transcription elongation factor GreB  46.1 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.741538  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4081  transcription elongation factor GreB  45.22 
 
 		 159 aa  122  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3908  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 163 aa  121  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4016  transcription elongation factor GreB  44.16 
 
 		 159 aa  121  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1917  GreA/GreB family elongation factor  44.74 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000419134  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2287  transcription elongation factor GreB  44.74 
 
 		 161 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01248  transcription elongation factor GreB  48.68 
 
 		 168 aa  119  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2863  transcription elongation factor GreB  46.71 
 
 		 168 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3890  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 161 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2265  transcription elongation factor GreB  45.03 
 
 		 157 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2065  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3509  GreA/GreB family elongation factor  43.71 
 
 		 165 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2677  GreA/GreB family elongation factor  42.5 
 
 		 163 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0170  transcription elongation factor GreB  42.48 
 
 		 163 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>