More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0170 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0170  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 163 aa  330  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0151  transcription elongation factor GreB  91.88 
 
 		 161 aa  304  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3636  transcription elongation factor GreB  91.25 
 
 		 160 aa  301  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4014  transcription elongation factor GreB  87.58 
 
 		 167 aa  289  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0136  transcription elongation factor GreB  88.05 
 
 		 169 aa  288  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4335  transcription elongation factor GreB  88.05 
 
 		 167 aa  287  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4203  transcription elongation factor GreB  88.05 
 
 		 167 aa  287  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4131  transcription elongation factor GreB  88.05 
 
 		 167 aa  287  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3810  transcription elongation factor GreB  87.58 
 
 		 167 aa  287  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0355529 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4631  transcription elongation factor GreB  85.71 
 
 		 167 aa  283  5e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3509  GreA/GreB family elongation factor  84.81 
 
 		 165 aa  276  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3809  transcription elongation factor GreB  66.67 
 
 		 160 aa  221  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0323  transcription elongation factor GreB  66.88 
 
 		 160 aa  218  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.741538  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0243  transcription elongation factor GreB  66.24 
 
 		 160 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2287  transcription elongation factor GreB  68.32 
 
 		 161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3890  transcription elongation factor GreB  64.1 
 
 		 161 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00620  transcription elongation factor  64.6 
 
 		 161 aa  210  9e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4016  transcription elongation factor GreB  61.01 
 
 		 159 aa  209  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2065  transcription elongation factor GreB  62.18 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03988  transcription elongation factor GreB  64.33 
 
 		 161 aa  206  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22969  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001872  transcription elongation factor GreB  66.24 
 
 		 163 aa  205  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3704  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3872  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3701  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3776  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1494  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  204  4e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3810  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0196  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 155 aa  203  8e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0150098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2265  transcription elongation factor GreB  60.9 
 
 		 157 aa  202  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104512  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1917  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 156 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107696  hitchhiker  0.0000000000204749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1757  transcription elongation factor GreB  61.54 
 
 		 157 aa  201  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000601316 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3819  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 157 aa  201  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3785  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  201  5e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0307  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3603  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4712  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.851369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0307  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0482378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3687  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.875681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3880  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03258  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 158 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2315  transcription elongation factor GreB  61.29 
 
 		 162 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03210  hypothetical protein  61.94 
 
 		 158 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3454  transcription elongation factor GreB  60.65 
 
 		 162 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000036573 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4626  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 157 aa  198  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3908  transcription elongation factor GreB  63.69 
 
 		 163 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0234  transcription elongation factor GreB  65.61 
 
 		 161 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4081  transcription elongation factor GreB  63.69 
 
 		 159 aa  198  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3981  transcription elongation factor GreB  60.38 
 
 		 171 aa  195  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0171  transcription elongation factor GreB  60.38 
 
 		 171 aa  195  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0240  transcription elongation factor GreB  62.89 
 
 		 166 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3805  GreA/GreB family elongation factor  84.4 
 
 		 114 aa  192  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4966  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 160 aa  190  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0107  transcription elongation factor GreB  63.29 
 
 		 158 aa  189  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3886  GreA/GreB family elongation factor  85.98 
 
 		 113 aa  189  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1235  GreA/GreB family elongation factor  58.97 
 
 		 157 aa  188  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23040  transcription elongation factor GreB  59.6 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3777  transcription elongation factor GreB  57.42 
 
 		 196 aa  178  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2561  transcription elongation factor GreB  57.62 
 
 		 165 aa  176  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.01679  hitchhiker  0.00000000000012211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4017  transcription elongation factor GreB  56.95 
 
 		 165 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11479  normal  0.49805 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1778  transcription elongation factor GreB  51.59 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0114164  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3737  transcription elongation factor GreB  55.63 
 
 		 171 aa  171  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2295  transcription elongation factor GreB  54.25 
 
 		 168 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27130  transcription elongation factor GreB  54.97 
 
 		 168 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2863  transcription elongation factor GreB  52.26 
 
 		 168 aa  158  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1103  GreA/GreB family elongation factor  49.67 
 
 		 161 aa  157  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000308289  normal  0.0184015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1201  transcription elongation factor GreB  48.05 
 
 		 161 aa  157  8e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0727535  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6110  transcription elongation factor GreB  49.03 
 
 		 173 aa  147  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2558  GreA/GreB family elongation factor  46.75 
 
 		 178 aa  147  9e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01248  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3307  transcription elongation factor GreB  44.3 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000320561  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2668  transcription elongation factor GreB  41.51 
 
 		 169 aa  131  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.049462  normal  0.0488826 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2677  GreA/GreB family elongation factor  42.58 
 
 		 163 aa  131  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1917  GreA/GreB family elongation factor  44 
 
 		 157 aa  131  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000419134  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0515  GreA/GreB family elongation factor  46.53 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000042647  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1753  GreA/GreB family elongation factor  47.06 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0673  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 190 aa  128  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0253655  normal  0.983843 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0718  GreA/GreB family elongation factor  41.67 
 
 		 158 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.188728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0731  GreA/GreB family elongation factor  41.67 
 
 		 158 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000249638 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2863  transcription elongation factor GreB  41.77 
 
 		 163 aa  127  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0909  transcription elongation factor GreB  43.87 
 
 		 189 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3081  transcription elongation factor GreB  44.37 
 
 		 189 aa  123  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0292072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0520  transcription elongation factor GreB  42.58 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.525146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1591  transcription elongation factor GreB  43.79 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000320355  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3010  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998685  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2091  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2944  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143322  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3044  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00484653  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2653  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0303907  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1959  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.51931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0820  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2273  transcription elongation factor GreB  43.05 
 
 		 187 aa  121  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1950  transcription elongation factor GreB  42.38 
 
 		 187 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697488  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4110  transcription elongation factor GreB  43.14 
 
 		 187 aa  118  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000102094  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0962  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00012209  normal  0.571045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0523  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000760648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1002  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 187 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0052225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1871  transcription elongation factor GreB  42.58 
 
 		 213 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  42.04 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2396  transcription elongation factor GreB  42.31 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0323  transcription elongation factor GreB  42.48 
 
 		 180 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.276985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>