More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3636 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3636  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 160 aa  323  8.000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0170  transcription elongation factor GreB  91.25 
 
 		 163 aa  301  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0151  transcription elongation factor GreB  91.25 
 
 		 161 aa  301  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0136  transcription elongation factor GreB  84.91 
 
 		 169 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4203  transcription elongation factor GreB  84.91 
 
 		 167 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4131  transcription elongation factor GreB  84.91 
 
 		 167 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4335  transcription elongation factor GreB  84.91 
 
 		 167 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4014  transcription elongation factor GreB  84.28 
 
 		 167 aa  279  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3810  transcription elongation factor GreB  84.28 
 
 		 167 aa  278  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0355529 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3509  GreA/GreB family elongation factor  83.54 
 
 		 165 aa  276  6e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4631  transcription elongation factor GreB  82.39 
 
 		 167 aa  274  4e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0323  transcription elongation factor GreB  69.87 
 
 		 160 aa  221  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.741538  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3809  transcription elongation factor GreB  67.31 
 
 		 160 aa  216  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0243  transcription elongation factor GreB  67.95 
 
 		 160 aa  213  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3890  transcription elongation factor GreB  64.74 
 
 		 161 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2287  transcription elongation factor GreB  66.88 
 
 		 161 aa  211  3.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3785  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  9e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0307  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4712  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.851369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3687  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.875681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3880  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3701  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3872  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0307  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0482378 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3603  transcription elongation factor GreB  65.81 
 
 		 158 aa  209  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3776  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3704  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03258  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4016  transcription elongation factor GreB  60.38 
 
 		 159 aa  209  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03210  hypothetical protein  65.16 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2065  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 157 aa  208  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00620  transcription elongation factor  64.6 
 
 		 161 aa  208  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3810  transcription elongation factor GreB  65.16 
 
 		 157 aa  207  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1917  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 156 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107696  hitchhiker  0.0000000000204749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2265  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 157 aa  204  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104512  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001872  transcription elongation factor GreB  63.41 
 
 		 163 aa  204  6e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3819  transcription elongation factor GreB  63.87 
 
 		 157 aa  203  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1494  transcription elongation factor GreB  65.58 
 
 		 158 aa  203  7e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4626  transcription elongation factor GreB  64.52 
 
 		 157 aa  203  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1757  transcription elongation factor GreB  62.58 
 
 		 157 aa  202  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000601316 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03988  transcription elongation factor GreB  63.69 
 
 		 161 aa  202  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22969  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0196  transcription elongation factor GreB  63.23 
 
 		 155 aa  202  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0150098  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2315  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 162 aa  201  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3454  transcription elongation factor GreB  61.29 
 
 		 162 aa  200  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000036573 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4081  transcription elongation factor GreB  64.97 
 
 		 159 aa  198  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3908  transcription elongation factor GreB  64.97 
 
 		 163 aa  198  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3981  transcription elongation factor GreB  61.01 
 
 		 171 aa  197  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0171  transcription elongation factor GreB  61.01 
 
 		 171 aa  197  5e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0240  transcription elongation factor GreB  63.52 
 
 		 166 aa  196  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0234  transcription elongation factor GreB  63.69 
 
 		 161 aa  194  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4966  transcription elongation factor GreB  61.94 
 
 		 160 aa  192  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1235  GreA/GreB family elongation factor  59.35 
 
 		 157 aa  189  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0107  transcription elongation factor GreB  62.03 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23040  transcription elongation factor GreB  60.93 
 
 		 165 aa  184  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2561  transcription elongation factor GreB  58.94 
 
 		 165 aa  183  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.01679  hitchhiker  0.00000000000012211 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3805  GreA/GreB family elongation factor  80.37 
 
 		 114 aa  183  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3777  transcription elongation factor GreB  58.71 
 
 		 196 aa  182  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4017  transcription elongation factor GreB  59.6 
 
 		 165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11479  normal  0.49805 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3886  GreA/GreB family elongation factor  81.9 
 
 		 113 aa  181  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27130  transcription elongation factor GreB  58.28 
 
 		 168 aa  180  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2295  transcription elongation factor GreB  58.17 
 
 		 168 aa  180  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1778  transcription elongation factor GreB  56.21 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0114164  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3737  transcription elongation factor GreB  56.29 
 
 		 171 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1103  GreA/GreB family elongation factor  50.98 
 
 		 161 aa  161  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000308289  normal  0.0184015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1201  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 161 aa  159  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0727535  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2863  transcription elongation factor GreB  53.95 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01248  transcription elongation factor GreB  53.95 
 
 		 168 aa  154  7e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6110  transcription elongation factor GreB  50.97 
 
 		 173 aa  153  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2558  GreA/GreB family elongation factor  46.75 
 
 		 178 aa  147  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2677  GreA/GreB family elongation factor  46.45 
 
 		 163 aa  139  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3307  transcription elongation factor GreB  45.64 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000320561  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1917  GreA/GreB family elongation factor  44.67 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000419134  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2668  transcription elongation factor GreB  42.77 
 
 		 169 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.049462  normal  0.0488826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0515  GreA/GreB family elongation factor  48.28 
 
 		 154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000042647  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1753  GreA/GreB family elongation factor  48.37 
 
 		 165 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2863  transcription elongation factor GreB  45.33 
 
 		 163 aa  133  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0718  GreA/GreB family elongation factor  43.75 
 
 		 158 aa  132  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.188728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0731  GreA/GreB family elongation factor  43.75 
 
 		 158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000249638 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0520  transcription elongation factor GreB  43.87 
 
 		 187 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.525146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0673  transcription elongation factor GreB  44.23 
 
 		 190 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0253655  normal  0.983843 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0909  transcription elongation factor GreB  42.58 
 
 		 189 aa  120  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  43.95 
 
 		 158 aa  120  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3081  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 189 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0292072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2033  transcription elongation factor GreA  42.68 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1871  transcription elongation factor GreB  42.58 
 
 		 213 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0323  transcription elongation factor GreB  45.16 
 
 		 180 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.276985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1370  transcription elongation factor GreB  43.79 
 
 		 184 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2273  transcription elongation factor GreB  41.72 
 
 		 187 aa  117  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2091  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2944  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143322  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0820  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1591  transcription elongation factor GreB  44.37 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000320355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1959  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.51931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2653  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0303907  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3010  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998685  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1950  transcription elongation factor GreB  41.06 
 
 		 187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697488  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3044  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00484653  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4110  transcription elongation factor GreB  44.44 
 
 		 187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000102094  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1087  transcription elongation factor GreB  44.06 
 
 		 175 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.421268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>