More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1087 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1087  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 175 aa  353  5e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.421268  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4017  transcription elongation factor GreB  55.62 
 
 		 165 aa  165  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11479  normal  0.49805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27130  transcription elongation factor GreB  55.62 
 
 		 168 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2295  transcription elongation factor GreB  54.66 
 
 		 168 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2561  transcription elongation factor GreB  55.62 
 
 		 165 aa  164  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.01679  hitchhiker  0.00000000000012211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23040  transcription elongation factor GreB  54.37 
 
 		 165 aa  161  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3981  transcription elongation factor GreB  52.74 
 
 		 171 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0171  transcription elongation factor GreB  52.74 
 
 		 171 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4966  transcription elongation factor GreB  55 
 
 		 160 aa  147  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2863  transcription elongation factor GreB  53.75 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1778  transcription elongation factor GreB  53.52 
 
 		 170 aa  141  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0114164  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1494  transcription elongation factor GreB  52.48 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1757  transcription elongation factor GreB  51.02 
 
 		 157 aa  141  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000601316 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01248  transcription elongation factor GreB  52.15 
 
 		 168 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2315  transcription elongation factor GreB  50.34 
 
 		 162 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3454  transcription elongation factor GreB  50.34 
 
 		 162 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000036573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1917  transcription elongation factor GreB  50.34 
 
 		 156 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107696  hitchhiker  0.0000000000204749 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6110  transcription elongation factor GreB  53.24 
 
 		 173 aa  138  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3737  transcription elongation factor GreB  53.28 
 
 		 171 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1103  GreA/GreB family elongation factor  52.9 
 
 		 161 aa  136  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000308289  normal  0.0184015 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00620  transcription elongation factor  50.35 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3777  transcription elongation factor GreB  50.68 
 
 		 196 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2558  GreA/GreB family elongation factor  48.28 
 
 		 178 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3307  transcription elongation factor GreB  49.06 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000320561  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1201  transcription elongation factor GreB  50.72 
 
 		 161 aa  131  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0727535  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0515  GreA/GreB family elongation factor  45.81 
 
 		 154 aa  130  7.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000042647  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2265  transcription elongation factor GreB  48.59 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2065  transcription elongation factor GreB  48.59 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1235  GreA/GreB family elongation factor  50.36 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4016  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 159 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03988  transcription elongation factor GreB  47.62 
 
 		 161 aa  127  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22969  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0196  transcription elongation factor GreB  46.48 
 
 		 155 aa  127  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0150098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0243  transcription elongation factor GreB  46.85 
 
 		 160 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1917  GreA/GreB family elongation factor  48.25 
 
 		 157 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000419134  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0731  GreA/GreB family elongation factor  47.55 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000249638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3908  transcription elongation factor GreB  46.85 
 
 		 163 aa  125  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3890  transcription elongation factor GreB  46.48 
 
 		 161 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0520  transcription elongation factor GreB  48.37 
 
 		 187 aa  124  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.525146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0718  GreA/GreB family elongation factor  46.85 
 
 		 158 aa  124  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.188728  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2287  transcription elongation factor GreB  45.14 
 
 		 161 aa  124  9e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0323  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.741538  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3809  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4081  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 159 aa  122  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0234  transcription elongation factor GreB  44.59 
 
 		 161 aa  121  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1753  GreA/GreB family elongation factor  52.71 
 
 		 165 aa  121  5e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0307  transcription elongation factor GreB  43.12 
 
 		 158 aa  121  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3603  transcription elongation factor GreB  43.12 
 
 		 158 aa  121  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3819  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 157 aa  121  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0307  transcription elongation factor GreB  43.12 
 
 		 158 aa  121  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0482378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4626  transcription elongation factor GreB  46.15 
 
 		 157 aa  121  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3785  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4712  transcription elongation factor GreB  42.5 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.851369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3687  transcription elongation factor GreB  42.5 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.875681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3880  transcription elongation factor GreB  42.5 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03258  transcription elongation factor GreB  42.5 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03210  hypothetical protein  42.5 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3872  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0151  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 161 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3810  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3704  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3701  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4014  transcription elongation factor GreB  45.58 
 
 		 167 aa  119  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3776  transcription elongation factor GreB  45.77 
 
 		 157 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3810  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 167 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0355529 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4631  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 167 aa  117  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0107  transcription elongation factor GreB  44.44 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2668  transcription elongation factor GreB  47.06 
 
 		 169 aa  117  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.049462  normal  0.0488826 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0323  transcription elongation factor GreB  43.4 
 
 		 180 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.276985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4335  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0136  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4203  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4131  transcription elongation factor GreB  44.76 
 
 		 167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3636  transcription elongation factor GreB  44.06 
 
 		 160 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3509  GreA/GreB family elongation factor  47.18 
 
 		 165 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0170  transcription elongation factor GreB  44.37 
 
 		 163 aa  115  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001872  transcription elongation factor GreB  41.96 
 
 		 163 aa  114  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1733  transcription elongation factor GreB  43.21 
 
 		 160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0896689 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2723  transcription elongation factor  45.06 
 
 		 213 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.503911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1871  transcription elongation factor GreB  43.83 
 
 		 213 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0395  transcription elongation factor GreB  43.4 
 
 		 163 aa  112  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0662581  normal  0.0531871 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1370  transcription elongation factor GreB  48.17 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3586  transcription elongation factor GreB  44.79 
 
 		 188 aa  112  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000687664  hitchhiker  0.00676969 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0865  transcription elongation factor GreB  46.3 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494541  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4110  transcription elongation factor GreB  42.68 
 
 		 187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000102094  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0874  transcription elongation factor GreB  43.12 
 
 		 187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0745968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2396  transcription elongation factor GreB  43.75 
 
 		 187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0862  transcription elongation factor GreB  43.12 
 
 		 187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000987565  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2677  GreA/GreB family elongation factor  45.65 
 
 		 163 aa  111  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0962  transcription elongation factor GreB  44.38 
 
 		 187 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00012209  normal  0.571045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0523  transcription elongation factor GreB  44.38 
 
 		 187 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000760648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1002  transcription elongation factor GreB  44.38 
 
 		 187 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0052225  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2470  transcription elongation factor GreB  43.21 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0253654  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0240  transcription elongation factor GreB  43.06 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2152  transcription elongation factor GreB  43.21 
 
 		 187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000119957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0950  transcription elongation factor GreB  46.2 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380314  hitchhiker  0.0000173092 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2863  transcription elongation factor GreB  46.38 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4332  transcription elongation factor GreB  42.68 
 
 		 190 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.313941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0859  transcription elongation factor GreB  41.88 
 
 		 186 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0909  transcription elongation factor GreB  43.04 
 
 		 189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3150  GreA/GreB family elongation factor  42.14 
 
 		 187 aa  108  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>