More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2023 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2023  transcription elongation factor GreB  100 
 
 		 188 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.42605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1332  GreA/GreB family elongation factor  74.86 
 
 		 190 aa  290  8e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.294175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0950  transcription elongation factor GreB  77.05 
 
 		 186 aa  288  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380314  hitchhiker  0.0000173092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0865  transcription elongation factor GreB  76.5 
 
 		 186 aa  286  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494541  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3586  transcription elongation factor GreB  74.32 
 
 		 188 aa  283  1.0000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000687664  hitchhiker  0.00676969 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4332  transcription elongation factor GreB  70.9 
 
 		 190 aa  276  1e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.313941  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2723  transcription elongation factor  74.18 
 
 		 213 aa  275  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.503911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0732  transcription elongation factor GreB  68.82 
 
 		 189 aa  266  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0808  transcription elongation factor GreB  71.98 
 
 		 183 aa  264  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.751815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2273  transcription elongation factor GreB  66.67 
 
 		 187 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.859222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3150  GreA/GreB family elongation factor  68.11 
 
 		 187 aa  250  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2470  transcription elongation factor GreB  65.03 
 
 		 188 aa  248  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0253654  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1591  transcription elongation factor GreB  64.71 
 
 		 187 aa  246  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000320355  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1950  transcription elongation factor GreB  65.43 
 
 		 187 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0697488  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0859  transcription elongation factor GreB  64.13 
 
 		 186 aa  245  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2152  transcription elongation factor GreB  65.03 
 
 		 187 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000119957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0909  transcription elongation factor GreB  60.54 
 
 		 189 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3044  transcription elongation factor GreB  64.17 
 
 		 187 aa  229  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00484653  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0673  transcription elongation factor GreB  60.11 
 
 		 190 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0253655  normal  0.983843 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3081  transcription elongation factor GreB  59.26 
 
 		 189 aa  229  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0292072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0874  transcription elongation factor GreB  64.17 
 
 		 187 aa  228  5e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0745968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0862  transcription elongation factor GreB  64.17 
 
 		 187 aa  228  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000987565  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2396  transcription elongation factor GreB  65.24 
 
 		 187 aa  227  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2091  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1959  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.51931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2653  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0303907  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3010  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998685  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0820  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2944  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  227  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4110  transcription elongation factor GreB  63.64 
 
 		 187 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000102094  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0962  transcription elongation factor GreB  63.1 
 
 		 187 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00012209  normal  0.571045 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0523  transcription elongation factor GreB  63.1 
 
 		 187 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000760648  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1002  transcription elongation factor GreB  63.1 
 
 		 187 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0052225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1126  transcription elongation factor GreB  59.56 
 
 		 185 aa  224  7e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.19101e-20  normal  0.833179 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1871  transcription elongation factor GreB  58.38 
 
 		 213 aa  224  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1370  transcription elongation factor GreB  59.56 
 
 		 184 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0520  transcription elongation factor GreB  58.47 
 
 		 187 aa  214  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.525146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0165  transcription elongation factor GreB  55.74 
 
 		 181 aa  206  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1075  transcription elongation factor GreB  61.11 
 
 		 166 aa  201  7e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0323  transcription elongation factor GreB  59.38 
 
 		 180 aa  198  5e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.276985 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0796  transcription elongation factor GreB  57.41 
 
 		 168 aa  177  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.592088 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4579  GreA/GreB family elongation factor  54.14 
 
 		 212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.063222  normal  0.427466 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1753  GreA/GreB family elongation factor  53.42 
 
 		 165 aa  170  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.322411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0395  transcription elongation factor GreB  49.38 
 
 		 163 aa  169  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0662581  normal  0.0531871 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1733  transcription elongation factor GreB  49.35 
 
 		 160 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0896689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1441  GreA/GreB family elongation factor  45.68 
 
 		 182 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1201  transcription elongation factor GreB  50 
 
 		 161 aa  143  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0727535  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1494  transcription elongation factor GreB  46.41 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3981  transcription elongation factor GreB  47.06 
 
 		 171 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0171  transcription elongation factor GreB  47.06 
 
 		 171 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1778  transcription elongation factor GreB  49.02 
 
 		 170 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0114164  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1103  GreA/GreB family elongation factor  48.05 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000308289  normal  0.0184015 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6110  transcription elongation factor GreB  47.62 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3777  transcription elongation factor GreB  45.96 
 
 		 196 aa  128  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23040  transcription elongation factor GreB  45.96 
 
 		 165 aa  127  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2668  transcription elongation factor GreB  48.08 
 
 		 169 aa  127  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.049462  normal  0.0488826 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3819  transcription elongation factor GreB  46.36 
 
 		 157 aa  127  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2561  transcription elongation factor GreB  44.79 
 
 		 165 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.01679  hitchhiker  0.00000000000012211 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4626  transcription elongation factor GreB  47.68 
 
 		 157 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1235  GreA/GreB family elongation factor  48.68 
 
 		 157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0307  transcription elongation factor GreB  46.1 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3785  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3603  transcription elongation factor GreB  46.1 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3880  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2295  transcription elongation factor GreB  45.96 
 
 		 168 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4712  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.851369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3687  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.875681 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0307  transcription elongation factor GreB  46.1 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0482378 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03258  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00620  transcription elongation factor  47.4 
 
 		 161 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03210  hypothetical protein  45.45 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27130  transcription elongation factor GreB  45.96 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2863  transcription elongation factor GreB  46.15 
 
 		 163 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0243  transcription elongation factor GreB  45.45 
 
 		 160 aa  125  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2677  GreA/GreB family elongation factor  45.51 
 
 		 163 aa  124  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0323  transcription elongation factor GreB  46.75 
 
 		 160 aa  124  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.741538  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4966  transcription elongation factor GreB  43.14 
 
 		 160 aa  123  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4016  transcription elongation factor GreB  43.71 
 
 		 159 aa  123  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1917  transcription elongation factor GreB  48.37 
 
 		 156 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107696  hitchhiker  0.0000000000204749 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3737  transcription elongation factor GreB  42.5 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1757  transcription elongation factor GreB  47.1 
 
 		 157 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000601316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2315  transcription elongation factor GreB  48.37 
 
 		 162 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0718  GreA/GreB family elongation factor  42.04 
 
 		 158 aa  122  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.188728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3810  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0731  GreA/GreB family elongation factor  42.04 
 
 		 158 aa  121  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000249638 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3872  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3776  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3704  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3701  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  121  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3454  transcription elongation factor GreB  46.54 
 
 		 162 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000036573 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0196  transcription elongation factor GreB  43.14 
 
 		 155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0150098  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4017  transcription elongation factor GreB  42.24 
 
 		 165 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11479  normal  0.49805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3809  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 160 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3890  transcription elongation factor GreB  43.59 
 
 		 161 aa  118  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01248  transcription elongation factor GreB  47.2 
 
 		 168 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0107  transcription elongation factor GreB  42.11 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00180134  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2065  transcription elongation factor GreB  46.36 
 
 		 157 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3307  transcription elongation factor GreB  41.67 
 
 		 157 aa  114  8.999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000320561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2265  transcription elongation factor GreB  45.7 
 
 		 157 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3509  GreA/GreB family elongation factor  41.72 
 
 		 165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>