116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0116 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 159 aa  324  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  93.71 
 
 		 159 aa  306  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  90.57 
 
 		 293 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  90.57 
 
 		 293 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  88.68 
 
 		 293 aa  300  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  86.79 
 
 		 292 aa  291  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  74.21 
 
 		 159 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  50.31 
 
 		 314 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  48.43 
 
 		 160 aa  153  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  47.06 
 
 		 283 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  46.45 
 
 		 286 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 283 aa  138  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 288 aa  121  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 287 aa  117  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  39.61 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 277 aa  103  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 277 aa  100  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  35.29 
 
 		 154 aa  97.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  35.29 
 
 		 156 aa  97.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  36.84 
 
 		 308 aa  92.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  38.36 
 
 		 294 aa  87.8  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  35.48 
 
 		 156 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  35.03 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3349  transcription activator, effector binding  30.2 
 
 		 160 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.808619  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 279 aa  72  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  32.17 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  31.65 
 
 		 288 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  33.76 
 
 		 265 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  32.26 
 
 		 288 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2745  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 158 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.611146  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2764  hypothetical protein  26.92 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000234477  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 288 aa  67.8  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  31.61 
 
 		 289 aa  67  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 279 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  31.61 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  31.61 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  31.61 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2547  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 156 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0684742  hitchhiker  0.0000000036137 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  65.1  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2209  transcription activator, effector binding  28.57 
 
 		 156 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2788  hypothetical protein  26.28 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2502  hypothetical protein  26.28 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000359333  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 284 aa  61.2  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 436 aa  61.6  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  30.13 
 
 		 288 aa  61.2  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2753  hypothetical protein  31.17 
 
 		 156 aa  60.5  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2546  hypothetical protein  25.64 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000652694  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2733  hypothetical protein  25.64 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000951736  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2116  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 296 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 288 aa  57.8  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4810  transcription activator effector binding  31.82 
 
 		 274 aa  57.8  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858088  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2467  hypothetical protein  25 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0149967  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3506  transcription activator, effector binding  32.09 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.771694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 279 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 296 aa  57  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2741  hypothetical protein  25 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.19844e-25 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 289 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  30.77 
 
 		 310 aa  53.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0385  transcription activator, effector binding  27.39 
 
 		 286 aa  53.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 296 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2238  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.478709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2284  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0569461 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2231  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.107411  normal  0.171145 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2184  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 155 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2397  DNA gyrase inhibitor  25 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3611  transcriptional regulator, MerR family  34.94 
 
 		 267 aa  52  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1231  transcription activator effector binding  35.71 
 
 		 155 aa  51.6  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0816033 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1631  DNA gyrase inhibitor  25.44 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01912  DNA gyrase inhibitor  25.44 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2147  DNA gyrase inhibitor  24.24 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1052  DNA gyrase inhibitor  24.56 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170354 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01898  hypothetical protein  25.44 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2865  DNA gyrase inhibitor  25.44 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  23.23 
 
 		 287 aa  48.5  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  25.32 
 
 		 160 aa  48.5  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3560  MerR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 287 aa  47.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.453881 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  30 
 
 		 132 aa  47.4  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  25.32 
 
 		 160 aa  47.4  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2300  DNA gyrase inhibitor  25.44 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>