99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2480 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 154 aa  314  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  81.17 
 
 		 156 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  80.52 
 
 		 154 aa  262  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 286 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 277 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 293 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 283 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 293 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  40.26 
 
 		 159 aa  104  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  39.61 
 
 		 159 aa  104  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 293 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 277 aa  102  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 283 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  35.44 
 
 		 160 aa  99.8  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 314 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 288 aa  97.8  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 287 aa  95.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  36.6 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 292 aa  92.8  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.56 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 284 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 326 aa  72  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  33.12 
 
 		 288 aa  71.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 279 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  33.12 
 
 		 288 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 279 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  33.12 
 
 		 288 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  33.12 
 
 		 288 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  30.2 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 297 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  32.89 
 
 		 265 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2209  transcription activator, effector binding  29.46 
 
 		 156 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  27.46 
 
 		 156 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  27.15 
 
 		 294 aa  60.8  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  39.39 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 296 aa  57  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 436 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  27.97 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2133  transcription activator effector binding  28.48 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.774789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  27.97 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  27.97 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  27.97 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  27.97 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  27.97 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  27.97 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  27.97 
 
 		 160 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 294 aa  54.3  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  36.62 
 
 		 288 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 296 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 296 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  28.67 
 
 		 310 aa  53.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 279 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  30.48 
 
 		 160 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2116  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 287 aa  52  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 293 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 288 aa  51.6  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2547  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 156 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0684742  hitchhiker  0.0000000036137 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2745  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 158 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.611146  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3349  transcription activator, effector binding  25.87 
 
 		 160 aa  50.8  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.808619  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2753  hypothetical protein  29.13 
 
 		 156 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 296 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  22.67 
 
 		 296 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 296 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 289 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 296 aa  49.7  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 289 aa  49.3  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 296 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 289 aa  48.9  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  21.23 
 
 		 296 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2764  hypothetical protein  24.18 
 
 		 166 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000234477  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  22.6 
 
 		 296 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 293 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  26.57 
 
 		 288 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  22.67 
 
 		 296 aa  47  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  31.82 
 
 		 289 aa  45.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2788  hypothetical protein  23.53 
 
 		 166 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178794  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1231  transcription activator effector binding  26.75 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0816033 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2467  hypothetical protein  22.88 
 
 		 159 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0149967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 293 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0385  transcription activator, effector binding  36.62 
 
 		 286 aa  43.9  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1364  hypothetical protein  35.44 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.33275  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  48.78 
 
 		 298 aa  41.6  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 325 aa  41.6  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2546  hypothetical protein  22.38 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000652694  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2502  hypothetical protein  22.38 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000359333  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2733  hypothetical protein  22.38 
 
 		 159 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000951736  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 281 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1052  DNA gyrase inhibitor  22.86 
 
 		 157 aa  41.2  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170354 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1631  DNA gyrase inhibitor  22.86 
 
 		 157 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2741  hypothetical protein  22.22 
 
 		 159 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.19844e-25 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2865  DNA gyrase inhibitor  22.86 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01898  hypothetical protein  22.86 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01912  DNA gyrase inhibitor  22.86 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2147  DNA gyrase inhibitor  22.86 
 
 		 157 aa  40.4  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3611  transcriptional regulator, MerR family  27.39 
 
 		 267 aa  40.8  0.008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01850  probable transcriptional regulator  36.84 
 
 		 165 aa  40.4  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.153077  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>