More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1354 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  87.71 
 
 		 293 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  84.98 
 
 		 293 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 296 aa  462  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 294 aa  295  4e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  49.1 
 
 		 279 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  48.39 
 
 		 279 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 286 aa  256  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  44.79 
 
 		 288 aa  255  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  44.44 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  44.44 
 
 		 288 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  44.1 
 
 		 288 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  47.92 
 
 		 265 aa  251  7e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  42.07 
 
 		 288 aa  250  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 288 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  39.52 
 
 		 286 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  38.46 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 288 aa  215  5e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 289 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 289 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 279 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  34.86 
 
 		 289 aa  200  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  31.74 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  34.98 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 350 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.65 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.85 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.79 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 287 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.24 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  29.39 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  28.21 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  34.64 
 
 		 160 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  34.64 
 
 		 160 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  34.64 
 
 		 160 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  34.64 
 
 		 160 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  34.64 
 
 		 160 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  34.64 
 
 		 160 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  33.99 
 
 		 160 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  34.64 
 
 		 160 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  33.99 
 
 		 160 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 		 436 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  29.07 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  25.37 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  36.79 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  26.12 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 157 aa  78.2  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 136 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  23.65 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  31.78 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  31.78 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>