More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1272 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  731    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 279 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 286 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 279 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  34.05 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  33.64 
 
 		 288 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 289 aa  175  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 288 aa  175  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  33.01 
 
 		 265 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  30.61 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  30.3 
 
 		 288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  30.3 
 
 		 288 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  30.61 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  31.85 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 288 aa  164  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  31.04 
 
 		 289 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 255 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 293 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  26.43 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  25.37 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 326 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  23.03 
 
 		 326 aa  99.8  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 288 aa  92.8  7e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  24.62 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  30.72 
 
 		 160 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  30.72 
 
 		 160 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  30.72 
 
 		 160 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  30.72 
 
 		 160 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  30.72 
 
 		 160 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  24.92 
 
 		 294 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  30.72 
 
 		 160 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  30.72 
 
 		 160 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  25.6 
 
 		 289 aa  86.3  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  30.72 
 
 		 160 aa  86.3  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  42.2 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  29.41 
 
 		 160 aa  85.5  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  25.08 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  41 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  41 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  29.11 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  40.2 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  40.2 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 152 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  40 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 		 436 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  39.6 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 296 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 277 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 120 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>