78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0677 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 160 aa  335  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  100 
 
 		 160 aa  335  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  100 
 
 		 160 aa  335  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  100 
 
 		 160 aa  335  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  100 
 
 		 160 aa  335  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  98.75 
 
 		 160 aa  333  5.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  98.75 
 
 		 160 aa  332  1e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  98.12 
 
 		 160 aa  330  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  98.75 
 
 		 160 aa  330  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  54.84 
 
 		 288 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  54.84 
 
 		 288 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  55.19 
 
 		 288 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  55.48 
 
 		 288 aa  184  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  54.84 
 
 		 288 aa  182  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  50.97 
 
 		 286 aa  176  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  49.68 
 
 		 289 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 289 aa  159  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  45.91 
 
 		 288 aa  159  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  45.45 
 
 		 286 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 288 aa  144  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 289 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 288 aa  140  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 289 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 279 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 294 aa  128  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  42.76 
 
 		 279 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 279 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  42.76 
 
 		 265 aa  123  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 284 aa  105  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 293 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  43.33 
 
 		 255 aa  101  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 293 aa  97.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 293 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 350 aa  88.2  4e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  23.29 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  33.93 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  31.11 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 326 aa  58.2  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  28.75 
 
 		 326 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  27.97 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2209  transcription activator, effector binding  30 
 
 		 156 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 283 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 292 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2745  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 158 aa  51.2  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.611146  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  32.08 
 
 		 156 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 277 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 283 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 287 aa  50.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2547  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0684742  hitchhiker  0.0000000036137 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2788  hypothetical protein  28.12 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178794  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  27.52 
 
 		 289 aa  48.9  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  25.32 
 
 		 159 aa  48.5  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 436 aa  48.5  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 289 aa  48.1  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 314 aa  47.4  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  30.36 
 
 		 160 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  26.61 
 
 		 289 aa  45.4  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 289 aa  45.4  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2764  hypothetical protein  25.78 
 
 		 166 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000234477  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 293 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 293 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 293 aa  44.3  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  25.5 
 
 		 156 aa  44.3  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  25.17 
 
 		 159 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2133  transcription activator effector binding  33.33 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.774789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 286 aa  42.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  24.83 
 
 		 154 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01912  DNA gyrase inhibitor  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1648  transcription activator effector binding protein  28.91 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01898  hypothetical protein  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1631  DNA gyrase inhibitor  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1226  DNA gyrase inhibitor  28.91 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0804022  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2865  DNA gyrase inhibitor  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2147  DNA gyrase inhibitor  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1052  DNA gyrase inhibitor  28.12 
 
 		 157 aa  40.8  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170354 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>