268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2590 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 301 aa  621  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 279 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 279 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  31.37 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  32.96 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  29.63 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  29.63 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  31.02 
 
 		 265 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  28.89 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  30.63 
 
 		 288 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  28.89 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  30.69 
 
 		 288 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 350 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  26.62 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  26.05 
 
 		 286 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 284 aa  112  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  21.92 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  22.14 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  22.69 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.14 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  21 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  21.78 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  21.78 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  21.56 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  22.56 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  23.97 
 
 		 160 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  23.97 
 
 		 160 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  23.29 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  21.33 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  21.23 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  20.55 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  22.6 
 
 		 160 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  20.68 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  22.4 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 160 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  21.23 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  20.27 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  19.64 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 277 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  21.25 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  21.3 
 
 		 287 aa  53.9  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.69 
 
 		 331 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 276 aa  53.5  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 317 aa  53.5  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 325 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 766 aa  53.1  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 307 aa  52.4  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 327 aa  52.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 320 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 320 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3344  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.388455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.17 
 
 		 255 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  27.08 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.11 
 
 		 158 aa  50.4  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  29.25 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 326 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 312 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 311 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 312 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 325 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 359 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 321 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 321 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  31 
 
 		 319 aa  49.7  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>