More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3953 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  600  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 283 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 277 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  39.31 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 		 286 aa  191  9e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 288 aa  159  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.62 
 
 		 294 aa  148  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  34.71 
 
 		 286 aa  145  9e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  31.12 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  31.16 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  33.91 
 
 		 288 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  28.66 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  38.71 
 
 		 159 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  42.86 
 
 		 160 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 326 aa  119  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  36.54 
 
 		 159 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  30.5 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 279 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  30.2 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  32.58 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  29.87 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  29.87 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 289 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  37.82 
 
 		 159 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  29.87 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.07 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  27.18 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  29.27 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  29.17 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  34.67 
 
 		 156 aa  96.3  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 296 aa  95.9  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  34.67 
 
 		 154 aa  95.5  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  34.87 
 
 		 154 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  24.91 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0621  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2116  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  42.73 
 
 		 436 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  25.78 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  25.91 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  22.57 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  25.89 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  33.55 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2654  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  25.8 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>