69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3349 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3349  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 160 aa  323  5e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.808619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 288 aa  88.6  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  28.28 
 
 		 308 aa  84.3  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2798  transcription activator effector binding  33.1 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 293 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 293 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0124  transcription activator effector binding  30.72 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4446  putative DNA gyrase inhibitor  29.33 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0116  transcription activator, effector binding  30.2 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0126  transcription activator effector binding  30.2 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 277 aa  71.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  28.95 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  40.96 
 
 		 326 aa  68.2  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 283 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  40.28 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2133  transcription activator effector binding  25.89 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.774789  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2753  hypothetical protein  28.19 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  27.86 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2502  hypothetical protein  30.88 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000359333  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 326 aa  54.3  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6018  hypothetical protein  22.52 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0418  transcription activator, effector binding  22.52 
 
 		 154 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2547  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0684742  hitchhiker  0.0000000036137 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2209  transcription activator, effector binding  23.13 
 
 		 156 aa  52.4  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2745  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 158 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.611146  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 279 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2788  hypothetical protein  31.88 
 
 		 166 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178794  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 289 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2480  transcription activator, effector binding  25.87 
 
 		 154 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0385  transcription activator, effector binding  27.15 
 
 		 286 aa  50.8  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2733  hypothetical protein  29.41 
 
 		 159 aa  50.8  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000951736  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2546  hypothetical protein  29.41 
 
 		 159 aa  50.8  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000652694  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2467  hypothetical protein  31.88 
 
 		 159 aa  50.8  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0149967  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2764  hypothetical protein  29.41 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000234477  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 279 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1231  transcription activator effector binding  36.11 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0816033 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2741  hypothetical protein  20.53 
 
 		 159 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.19844e-25 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 279 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  29.52 
 
 		 288 aa  48.9  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 289 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 325 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  38.54 
 
 		 267 aa  48.9  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0225  putative transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 		 262 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 288 aa  45.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  24.32 
 
 		 288 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 288 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 286 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 288 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0423  hypothetical protein  27.27 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  25 
 
 		 288 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2116  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 		 287 aa  43.1  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2147  DNA gyrase inhibitor  25.5 
 
 		 157 aa  42.4  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1206  transcription activator, effector binding  32.39 
 
 		 132 aa  42.4  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01912  DNA gyrase inhibitor  25.5 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01898  hypothetical protein  25.5 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2865  DNA gyrase inhibitor  25.5 
 
 		 157 aa  41.6  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.114813 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 289 aa  41.2  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1052  DNA gyrase inhibitor  25.5 
 
 		 157 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.170354 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  24 
 
 		 310 aa  41.2  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  23.71 
 
 		 299 aa  40.4  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1631  DNA gyrase inhibitor  24.83 
 
 		 157 aa  40.4  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>