More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2403 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2403  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.121442  normal  0.520067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2532  LysR family transcriptional regulator  98.38 
 
 		 309 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5815  LysR family transcriptional regulator  91.67 
 
 		 311 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.163492 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0812  LysR family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 309 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2508  LysR family transcriptional regulator  94.17 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2483  LysR family transcriptional regulator  94.17 
 
 		 309 aa  531  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.233033  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1872  LysR family transcriptional regulator  94.17 
 
 		 349 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.841417  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2295  LysR family transcriptional regulator  70.72 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1410  LysR family transcriptional regulator  69.15 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  normal  0.531112 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  62.37 
 
 		 297 aa  362  6e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3062  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 300 aa  360  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 297 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  57.65 
 
 		 314 aa  336  2.9999999999999997e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1035  transcriptional regulator, LysR family  54.52 
 
 		 303 aa  317  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.693724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  51.69 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  288  6e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  288  8e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 327 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1729  transcription regulator protein  47.32 
 
 		 306 aa  278  7e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1523  transcriptional regulator, LysR family  46.41 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.072714  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 299 aa  276  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1474  transcriptional regulator, LysR family  45.93 
 
 		 308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0906205  hitchhiker  0.00000000107366 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4320  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0176  transcriptional regulator, LysR family  46.41 
 
 		 305 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0225  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 318 aa  268  8e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0248  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000146756 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 303 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3774  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 305 aa  265  7e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  44.78 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0158  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 298 aa  263  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4263  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0247  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112344 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 334 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 338 aa  262  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 307 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 334 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0246  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  258  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6541  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95038  normal  0.402814 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  258  9e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6056  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18637  normal  0.867565 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5692  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4520  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 301 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  0.633071 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4062  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0198165  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.92 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 323 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3724  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0196  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 323 aa  249  6e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00725264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1053  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 350 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.969066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  42.37 
 
 		 295 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 337 aa  245  6e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 323 aa  245  8e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.67 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  39.67 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 335 aa  241  7.999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0910  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 310 aa  239  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3801  LysR substrate binding domain protein  39.93 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3443  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  40.27 
 
 		 300 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  40.27 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>