More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6250 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6250  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4652  short chain dehydrogenase  72.48 
 
 
264 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.109281  normal  0.0540489 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6621  short chain dehydrogenase  72.48 
 
 
258 aa  341  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5678  short chain dehydrogenase  72.87 
 
 
258 aa  341  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7209  short chain dehydrogenase  47.01 
 
 
257 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4056  short chain dehydrogenase  45.06 
 
 
257 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0421  short chain dehydrogenase  46.67 
 
 
257 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1790  short chain dehydrogenase  44.66 
 
 
254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.156193  normal  0.309102 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1628  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
255 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.908902  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1058  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0215  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1715  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1215  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
257 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0047  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
257 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0370  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
257 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1195  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
255 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0507386  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
259 aa  154  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
262 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
247 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
257 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
275 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
249 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.19 
 
 
266 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0746  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.41 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  37.21 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
263 aa  133  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0128625 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
282 aa  132  6e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.451543 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.85 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
251 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.179495  normal  0.922727 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
247 aa  128  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
262 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.68 
 
 
249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.4 
 
 
253 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.821391 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00764889  hitchhiker  0.0046637 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
262 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
260 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.96 
 
 
250 aa  125  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
286 aa  125  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
246 aa  125  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
246 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
249 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
253 aa  125  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
246 aa  125  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  124  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
256 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
265 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
246 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
249 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.519285 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
255 aa  123  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
246 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.08 
 
 
246 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
246 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_11085  conserved hypothetical protein  34.98 
 
 
271 aa  123  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  123  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
262 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
246 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
246 aa  122  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
246 aa  122  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0850  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.27 
 
 
266 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.40253  normal  0.017932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
253 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
250 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.92 
 
 
253 aa  122  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
245 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7112  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
248 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.912642 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
248 aa  122  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
254 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
255 aa  122  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
281 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
265 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
251 aa  121  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
250 aa  121  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.795083  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429944  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622704  normal  0.299827 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 
699 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  34.82 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
256 aa  120  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
267 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
256 aa  119  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 
246 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
254 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
264 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0960385  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
299 aa  119  3e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  37.76 
 
 
261 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>