More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0223 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2436  short chain dehydrogenase  73.43 
 
 		 700 aa  984    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29640  short chain dehydrogenase  49.7 
 
 		 683 aa  643    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6708  short chain dehydrogenase  73.37 
 
 		 698 aa  1055    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3884  short chain dehydrogenase  50.79 
 
 		 706 aa  712    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1724  short chain dehydrogenase  60.58 
 
 		 705 aa  768    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616533  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2592  short chain dehydrogenase  74.86 
 
 		 700 aa  1082    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2214  short chain dehydrogenase  63.65 
 
 		 707 aa  839    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 699 aa  1436    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  74.24 
 
 		 703 aa  1064    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4610  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 		 707 aa  766    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.11401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1802  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  54.91 
 
 		 701 aa  761    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310518  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4925  short chain dehydrogenase  52.44 
 
 		 707 aa  738    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000252534  normal  0.445415 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3572  short chain dehydrogenase  74.39 
 
 		 698 aa  1048    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5807  short chain dehydrogenase  73.52 
 
 		 698 aa  1041    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402593  normal  0.0411689 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2115  short chain dehydrogenase  62.86 
 
 		 702 aa  822    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4215  short chain dehydrogenase  52.2 
 
 		 713 aa  734    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.252283  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05820  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  49.63 
 
 		 689 aa  632  1e-180  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3106  short chain dehydrogenase  49.26 
 
 		 685 aa  619  1e-176  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3046  short chain dehydrogenase  49.71 
 
 		 676 aa  619  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.854691  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0429  short chain dehydrogenase  48.6 
 
 		 680 aa  620  1e-176  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.683758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4390  short chain dehydrogenase  48.75 
 
 		 677 aa  616  1e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639544  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4477  short chain dehydrogenase  48.75 
 
 		 677 aa  616  1e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4771  short chain dehydrogenase  48.46 
 
 		 677 aa  618  1e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4672  short chain dehydrogenase  49.26 
 
 		 679 aa  610  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.174921  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0887  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  48.27 
 
 		 684 aa  608  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1386  short chain dehydrogenase  48.39 
 
 		 691 aa  608  9.999999999999999e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.88189  normal  0.0321561 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3305  short chain dehydrogenase  48.6 
 
 		 680 aa  605  9.999999999999999e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3316  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 		 730 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193646 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3454  short chain dehydrogenase  46.72 
 
 		 730 aa  600  1e-170  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.117557 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3625  short chain dehydrogenase  48.96 
 
 		 687 aa  599  1e-170  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000228222  normal  0.0356352 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3212  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 		 689 aa  598  1e-170  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2731  short chain dehydrogenase  45.42 
 
 		 729 aa  592  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3704  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  47.19 
 
 		 678 aa  590  1e-167  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.701668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2381  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  49.04 
 
 		 677 aa  589  1e-167  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6711  short chain dehydrogenase  48.38 
 
 		 677 aa  591  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0705  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 680 aa  589  1e-167  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1303  short chain dehydrogenase  44.92 
 
 		 729 aa  574  1.0000000000000001e-162  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.851428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2254  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  46.79 
 
 		 691 aa  571  1e-161  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658882  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2454  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 		 694 aa  567  1e-160  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.86013  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0694  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.03 
 
 		 726 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.180727  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2857  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  44.07 
 
 		 701 aa  557  1e-157  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.886438 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1679  short chain dehydrogenase  45.61 
 
 		 696 aa  552  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.962871  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4810  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  45.39 
 
 		 695 aa  537  1e-151  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2988  short chain dehydrogenase  45.36 
 
 		 700 aa  534  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1895  short chain dehydrogenase  32.9 
 
 		 698 aa  332  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.196702  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1972  short chain dehydrogenase  31.86 
 
 		 705 aa  330  6e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000839125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0410  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 		 701 aa  325  2e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2003  short chain dehydrogenase  31.67 
 
 		 705 aa  323  8e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0195  short chain dehydrogenase  31.77 
 
 		 705 aa  316  7e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1803  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 		 705 aa  315  1.9999999999999998e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2746  short chain dehydrogenase  30.94 
 
 		 705 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2009  short chain dehydrogenase  30.55 
 
 		 705 aa  308  3e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.333883 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4460  short chain dehydrogenase  31.21 
 
 		 657 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134448  normal  0.127863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4397  short chain dehydrogenase  31.21 
 
 		 657 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1605  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 		 690 aa  304  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.043834 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2336  short chain dehydrogenase  30.76 
 
 		 706 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.308198  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1642  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 		 705 aa  302  1e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4827  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 		 684 aa  301  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1970  short chain dehydrogenase  31.93 
 
 		 653 aa  291  4e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2693  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 		 682 aa  285  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3516  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 		 664 aa  268  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390317  normal  0.0637754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2413  short chain dehydrogenase  31.7 
 
 		 688 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2311  short chain dehydrogenase  31.7 
 
 		 688 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0401  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 652 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25371  short chain dehydrogenase  29.26 
 
 		 715 aa  224  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3743  short chain dehydrogenase  28.54 
 
 		 571 aa  187  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3145  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 413 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191553 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3499  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 413 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.110567  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  34.48 
 
 		 259 aa  140  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.04 
 
 		 266 aa  140  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  32.95 
 
 		 265 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.36 
 
 		 260 aa  127  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 		 261 aa  125  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 		 257 aa  124  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02396  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.12 
 
 		 261 aa  124  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.613287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1368  short chain dehydrogenase  34.85 
 
 		 263 aa  123  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.694726 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4827  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 295 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 		 262 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 		 255 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 		 270 aa  121  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 257 aa  121  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 		 253 aa  121  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  121  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  121  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  121  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6250  short chain dehydrogenase  37.69 
 
 		 258 aa  120  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  33.46 
 
 		 257 aa  120  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 276 aa  120  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.952588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 		 244 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5077  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4692  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.799033  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4778  short chain dehydrogenase  35.14 
 
 		 263 aa  118  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.882574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 261 aa  119  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 257 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5284  short chain dehydrogenase  35.52 
 
 		 263 aa  118  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284792 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 		 256 aa  117  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 254 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.425319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13592  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 		 262 aa  117  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000955112  normal  0.120371 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4380  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.98 
 
 		 261 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.209201  normal  0.21753 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 		 254 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>