190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5338 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5338  transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2088  transcriptional regulator, DeoR family  33.89 
 
 		 315 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2553  DeoR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 342 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2598  DeoR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 342 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0969479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2592  DeoR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 342 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0641807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  31.94 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  31.09 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  31.09 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  31.09 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29850  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  33.44 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  29.47 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1071  transcriptional regulator, DeoR family  27.3 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0743327  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  30.69 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  28.2 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  32.79 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  28.57 
 
 		 327 aa  109  5e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  30.13 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 323 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  29.65 
 
 		 323 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 333 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  29.65 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  30.13 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  29.8 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  30.13 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  30.94 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 362 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  30.13 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06255  deoxyribonucleoside regulator/dihydroxyacetone kinase  30.28 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  27.51 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  29.47 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  28.93 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  29.1 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  29.77 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  28.3 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  27.99 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  28.53 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  27.48 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  28.71 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 326 aa  99.8  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  26.54 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 339 aa  96.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0409  DeoR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 334 aa  96.7  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0717665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 318 aa  95.9  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3997  transcriptional regulator, DeoR family  31.44 
 
 		 312 aa  95.5  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  27.18 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  30.1 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  26.56 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  26.56 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  26.56 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  26.56 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  26.56 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  26.86 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  23.7 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  26.23 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  28.2 
 
 		 325 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  29.62 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  29.62 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  29.62 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2797  transcriptional regulator, DeoR family  28.8 
 
 		 315 aa  90.5  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  28.2 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 341 aa  89.4  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  26.6 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1639  DeoR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294849  hitchhiker  0.00400864 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0304  transcriptional regulator, DeoR family  30.1 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0969675 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3263  DeoR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1461  transcriptional regulator, DeoR family  29.8 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  29.17 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  28.9 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  27.79 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  28.29 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 317 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3422  transcriptional regulator, DeoR family  28.53 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00167672  hitchhiker  0.0000946646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4059  DeoR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.810419  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  27.54 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  28.48 
 
 		 694 aa  76.3  0.0000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  26.62 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>