224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3606 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  85.03 
 
 		 334 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  82.57 
 
 		 335 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 326 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 325 aa  136  5e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 363 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  29.32 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  28.97 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  27.45 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  27.12 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  25.9 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 318 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4059  DeoR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 326 aa  123  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.810419  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  28.85 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  25.82 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  28.9 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 326 aa  116  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  28.33 
 
 		 338 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2312  sugar-binding domain-containing protein  27.66 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2414  DeoR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.415693  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  28.67 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  24.51 
 
 		 321 aa  115  8.999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  27.36 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  25.41 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  25.08 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  27.51 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  28 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  28.2 
 
 		 694 aa  109  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  27.7 
 
 		 315 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  28 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  26.4 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  27.36 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  26.4 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  28.8 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  26.07 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  27.69 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  27.69 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  28.8 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  27.45 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  30.28 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  27.69 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  28.16 
 
 		 700 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 335 aa  106  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  26.47 
 
 		 332 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  26.47 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  26.47 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  25.16 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  25.16 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  26.43 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  27.24 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  26.43 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  26.43 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  26.43 
 
 		 319 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  27.56 
 
 		 315 aa  102  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  25.97 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5338  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  26.11 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  27.54 
 
 		 694 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 337 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3288  transcriptional regulator, DeoR family  29.45 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.112061  normal  0.0190392 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  26.13 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 315 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>