224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1190 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  659    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5157  transcriptional regulator, DeoR family  47 
 
 		 334 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3606  DeoR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 335 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  32.11 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 331 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  26.56 
 
 		 321 aa  132  7.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  30.84 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  28.71 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  31.1 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  29.47 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06255  deoxyribonucleoside regulator/dihydroxyacetone kinase  31.27 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2524  DeoR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  30.56 
 
 		 311 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  27.15 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  27.21 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  25.24 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3288  transcriptional regulator, DeoR family  29.22 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.112061  normal  0.0190392 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  26.8 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  26.8 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 339 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  28.48 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  27.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  27.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  27.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  27.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  27.24 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  26.46 
 
 		 310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  29.22 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  28.16 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  29.22 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  26.47 
 
 		 315 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 326 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  29.8 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  30.67 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  28.16 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  28.16 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  28.16 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  28.85 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  28.85 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  27.1 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  27.48 
 
 		 337 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 363 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  23.34 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  28.21 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  28.21 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  28.21 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  28.21 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  28.21 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  28 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  24.52 
 
 		 315 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  28.21 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  26.45 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.52 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  24.52 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.52 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.52 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0561  transcriptional regulator, DeoR family  27.39 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2643  transcriptional regulator, DeoR family  28.9 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000047791  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.51 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  24.51 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  24.18 
 
 		 327 aa  107  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  24.52 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 318 aa  106  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  25.48 
 
 		 326 aa  105  7e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  27.81 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  27.3 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>