222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4003 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  100 
 
 		 319 aa  641    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 330 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  56.21 
 
 		 334 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  38.61 
 
 		 323 aa  212  7.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  35.06 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  38.93 
 
 		 320 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 320 aa  192  6e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  35.92 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 325 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  32.8 
 
 		 325 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  31.65 
 
 		 325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  34.28 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  30.84 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 316 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  31.31 
 
 		 319 aa  149  4e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  31.96 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  31.96 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  31.96 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  31.96 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  31.06 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  31.06 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  31.06 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  31.06 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  28.48 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3537  DeoR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.165471 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  30.75 
 
 		 319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  31.65 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  32.14 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  32.14 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  32.14 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  32.14 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  32.14 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  31.89 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  32.14 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  29.35 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  29.03 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  29.61 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  31.15 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  29.68 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  29.68 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1750  DeoR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00345901  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.67 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  30.67 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.67 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1926  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.67 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.60106e-41 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  30.67 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  32.24 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  28.43 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1974  deoxyribonucleoside regulator DeoR, putative  30.35 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00373249  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  28.25 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1894  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.6 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0693832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.28 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2001  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  30.6 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000544844  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  25.97 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  29.25 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  29.25 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  26.62 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  27.3 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  27.3 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  29.56 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 335 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  28.39 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  30.03 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  25.97 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  25.97 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>