215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2858 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  635    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  46.62 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  44.04 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 330 aa  261  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  36.25 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  37.66 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  35.71 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  32.79 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 325 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 339 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  29.41 
 
 		 325 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  29.08 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  29.74 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 336 aa  149  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  30.65 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 342 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  26.95 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  26.95 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 335 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  30.6 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  29.35 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 331 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  27.12 
 
 		 339 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  27.1 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 337 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  26.14 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  27.87 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  28.25 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  26.47 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  26.8 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 340 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  26.14 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0522  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 337 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  25.24 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  27.48 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  25.56 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  22.51 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  22.51 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  24.75 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  22.19 
 
 		 310 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  22.19 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  29.43 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  24.61 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  22.51 
 
 		 362 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  22.51 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  29.43 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  29.43 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  29.11 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  21.86 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4738  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  21.54 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  29.77 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  29.04 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  29.04 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  29.04 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  29.04 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  29.04 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  22.51 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  29.04 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1468  DeoR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010557  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  29.04 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  29.11 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  24.61 
 
 		 316 aa  112  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  27.48 
 
 		 694 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 363 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  27.48 
 
 		 694 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  29.24 
 
 		 695 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  28.16 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  26.06 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>