224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3417 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3417  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  668    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.330791  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3284  sugar-binding domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  660    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0947  sugar-binding domain-containing protein  100 
 
 		 323 aa  668    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0700296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  71.79 
 
 		 320 aa  479  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  71.7 
 
 		 321 aa  475  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  71.38 
 
 		 332 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000492  transcriptional regulator  66.56 
 
 		 333 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06255  deoxyribonucleoside regulator/dihydroxyacetone kinase  65.92 
 
 		 333 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0563  SorC family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 331 aa  435  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0087  transcriptional regulator  63.23 
 
 		 326 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.284033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  60 
 
 		 326 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 326 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0409  DeoR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 339 aa  357  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.490388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  54.92 
 
 		 337 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22170  sugar-binding domain-containing protein  55.23 
 
 		 310 aa  349  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  52.73 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  53.75 
 
 		 363 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  52.73 
 
 		 339 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 318 aa  327  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  32.13 
 
 		 321 aa  152  8.999999999999999e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3725  transcriptional regulator, DeoR family  31.82 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000852212  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  29.72 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  32.39 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  30.43 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  28.89 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1069  transcriptional regulator, DeoR family  28.8 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000512012  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  29.25 
 
 		 319 aa  126  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  27.78 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  27.8 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0327  transcriptional regulator, putative  27.94 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  32.55 
 
 		 694 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1160  citrate lyase regulator, putative  25.71 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152534  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  25.8 
 
 		 315 aa  123  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  33.22 
 
 		 694 aa  122  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5499  sorbitol operon regulator SorC  30.03 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  30.79 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4482  sorbitol operon regulator SorC  30.03 
 
 		 315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.543234 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4524  sorbitol operon regulator SorC  30.03 
 
 		 315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03820  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  30.41 
 
 		 318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  30.56 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0304  transcriptional regulator, DeoR family  30.33 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0969675 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 345 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 341 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3997  transcriptional regulator, DeoR family  27.45 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.150923 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  27.65 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  30.69 
 
 		 700 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  27.42 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2790  DeoR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2834  DeoR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2817  DeoR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0275474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2797  transcriptional regulator, DeoR family  27.56 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5338  transcriptional regulator  29.65 
 
 		 313 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  29.75 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 339 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  26.03 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  27.07 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3825  Glycerone kinase  27.85 
 
 		 695 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0322545  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  27.07 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  26.35 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3075  DeoR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  26.69 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 362 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  28.62 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  26.81 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  26.81 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  24.92 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  27.1 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0561  transcriptional regulator, DeoR family  26.47 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573542 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3452  putative deoxyribonucleoside regulator DeoR  28.43 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00224195  hitchhiker  1.06699e-16 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  28.12 
 
 		 315 aa  104  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1753  deoxyribonucleoside regulator DeoR  28.12 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000750924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  28.12 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1891  deoxyribonucleoside regulator DeoR  28.12 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0535512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>