55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2181 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  100 
 
 		 409 aa  845    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  27.21 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.55 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0182  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.455804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  27.45 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3703  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 377 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0180  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  23.2 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 381 aa  72.8  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  23.2 
 
 		 360 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.88 
 
 		 360 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  25.93 
 
 		 408 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  22.33 
 
 		 439 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  23.16 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  31.28 
 
 		 410 aa  59.7  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  25.26 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  23.96 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  24.12 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3878  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.43 
 
 		 355 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.405488  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  23.64 
 
 		 430 aa  56.6  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1606  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.47 
 
 		 355 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.273588 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 404 aa  54.7  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  27.89 
 
 		 401 aa  53.9  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1726  ABC transporter, periplasmic binding protein  23.49 
 
 		 354 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.477367  normal  0.0250834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3993  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component-like protein  23.49 
 
 		 354 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.249752  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 380 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  22.38 
 
 		 435 aa  52.4  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1318  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 352 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  23.06 
 
 		 401 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  23.08 
 
 		 401 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  22.93 
 
 		 399 aa  49.7  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  22.73 
 
 		 403 aa  48.5  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1275  extracellular solute-binding protein  22.66 
 
 		 354 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  0.567692 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1686  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.04 
 
 		 354 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.224605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  23.73 
 
 		 380 aa  47.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5676  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 362 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.529859  normal  0.553498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.44 
 
 		 347 aa  47.4  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  29.61 
 
 		 366 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.32 
 
 		 347 aa  46.6  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4218  spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  26.73 
 
 		 413 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.244138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  23.56 
 
 		 386 aa  45.8  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 367 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.46 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.75 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0746  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 350 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  21.7 
 
 		 381 aa  45.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0725  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 350 aa  45.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1044  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  27.69 
 
 		 362 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.65 
 
 		 418 aa  43.9  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.32 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.32 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.32 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.32 
 
 		 348 aa  43.5  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0113  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.18 
 
 		 362 aa  43.5  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1502  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.18 
 
 		 362 aa  43.5  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>