44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2251 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 		 399 aa  809    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  58.62 
 
 		 401 aa  435  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  56.64 
 
 		 401 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  58.02 
 
 		 401 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  52.76 
 
 		 401 aa  416  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  51.86 
 
 		 408 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  48.48 
 
 		 409 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  52.23 
 
 		 406 aa  397  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 404 aa  388  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  40.45 
 
 		 403 aa  332  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  39.3 
 
 		 386 aa  329  5.0000000000000004e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  40.91 
 
 		 380 aa  325  9e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  42.27 
 
 		 435 aa  325  1e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  41.31 
 
 		 390 aa  317  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  40.9 
 
 		 381 aa  315  6e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  38.64 
 
 		 382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  39.27 
 
 		 419 aa  299  6e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  42.93 
 
 		 388 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  42.4 
 
 		 388 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  42.4 
 
 		 388 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  42.67 
 
 		 388 aa  289  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  42.4 
 
 		 388 aa  289  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  42.4 
 
 		 388 aa  289  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  42.4 
 
 		 388 aa  288  9e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  42.13 
 
 		 388 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  42.4 
 
 		 388 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  42.82 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  40.33 
 
 		 384 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  37.63 
 
 		 409 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  39 
 
 		 403 aa  263  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  39.89 
 
 		 430 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  37.23 
 
 		 410 aa  256  7e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  37.16 
 
 		 429 aa  251  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  34.85 
 
 		 373 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  38.86 
 
 		 429 aa  226  4e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  37.43 
 
 		 424 aa  223  4e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.46 
 
 		 377 aa  64.7  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  22.99 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  25.81 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  23.78 
 
 		 380 aa  50.4  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  22.93 
 
 		 409 aa  49.7  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  23.89 
 
 		 360 aa  43.9  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 		 360 aa  43.1  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>