69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0180 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0180  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 377 aa  772    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3703  extracellular solute-binding protein  72.65 
 
 		 377 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0182  extracellular solute-binding protein  61.02 
 
 		 382 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.455804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  25.13 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  28.8 
 
 		 360 aa  93.2  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 360 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.8 
 
 		 360 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 		 381 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  28.44 
 
 		 409 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.27 
 
 		 377 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4845  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  25.32 
 
 		 388 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0226871  decreased coverage  0.000145502 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  24.37 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1656  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.432631  normal  0.449187 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1684  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1205  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3337  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.1 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  26.43 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4486  maltose ABC transporter periplasmic protein  28.3 
 
 		 396 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1562  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  33.64 
 
 		 418 aa  51.6  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4279  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 389 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796314  normal  0.290658 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5538  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.35 
 
 		 396 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5512  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.66 
 
 		 393 aa  51.6  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142427  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 		 341 aa  50.8  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4571  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.74 
 
 		 396 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4572  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.74 
 
 		 396 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0168981 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4421  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.74 
 
 		 396 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100315 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4623  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.74 
 
 		 396 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.108824 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.17 
 
 		 341 aa  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1609  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  23.64 
 
 		 388 aa  49.7  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.154443 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0008  ABC transporter periplasmic-binding protein  21.92 
 
 		 325 aa  49.7  0.00009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000406397  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1590  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  24.06 
 
 		 388 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5065  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  27.37 
 
 		 365 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0972381  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6869  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4218  spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  24.58 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.244138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  25.48 
 
 		 429 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0238  maltose ABC transporter periplasmic protein  27.86 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.941451 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.44 
 
 		 341 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.44 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  29.27 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4443  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 392 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  24.79 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2006  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 345 aa  48.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.569092  normal  0.043558 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2631  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 415 aa  47.4  0.0004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0518  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  30.22 
 
 		 385 aa  47  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  23.98 
 
 		 409 aa  47  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0760  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.43 
 
 		 393 aa  47  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372778  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0810  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.43 
 
 		 393 aa  47  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  24.9 
 
 		 419 aa  47  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 358 aa  46.6  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  21.47 
 
 		 431 aa  45.8  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.61 
 
 		 341 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1108  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 		 436 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.66 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  23.94 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  23.66 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  26.18 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  23.94 
 
 		 341 aa  45.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 347 aa  44.3  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.66 
 
 		 325 aa  43.9  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 		 357 aa  42.7  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3418  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 354 aa  42.7  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>