39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5538 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5538  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 		 396 aa  809    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1562  extracellular solute-binding protein  68.25 
 
 		 385 aa  523  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1609  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  67.97 
 
 		 388 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.154443 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1590  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  67.97 
 
 		 388 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4845  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  67.41 
 
 		 388 aa  518  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0226871  decreased coverage  0.000145502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1656  extracellular solute-binding protein  67.13 
 
 		 388 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.432631  normal  0.449187 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1205  extracellular solute-binding protein  67.41 
 
 		 388 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1684  extracellular solute-binding protein  67.41 
 
 		 388 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4443  extracellular solute-binding protein  66.57 
 
 		 392 aa  508  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4279  extracellular solute-binding protein family 1  66.02 
 
 		 389 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796314  normal  0.290658 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3337  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  60.36 
 
 		 394 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0810  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.6 
 
 		 393 aa  479  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0760  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  62.6 
 
 		 393 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372778  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5512  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  58.88 
 
 		 393 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142427  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6869  extracellular solute-binding protein family 1  52.5 
 
 		 419 aa  402  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0518  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  50.7 
 
 		 385 aa  388  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4218  spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  51.38 
 
 		 413 aa  388  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.244138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45 
 
 		 418 aa  356  3.9999999999999996e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 380 aa  70.5  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3703  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 377 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0182  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 382 aa  53.1  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.455804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  25 
 
 		 409 aa  53.1  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0180  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 		 377 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  24.71 
 
 		 381 aa  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  25.23 
 
 		 380 aa  49.7  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  21.17 
 
 		 395 aa  49.7  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  22.34 
 
 		 429 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  24.16 
 
 		 401 aa  47.8  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  26.34 
 
 		 386 aa  47.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  23.78 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  22.41 
 
 		 381 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  26.86 
 
 		 406 aa  45.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  26.87 
 
 		 348 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  26.28 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  22.29 
 
 		 403 aa  44.3  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  24.59 
 
 		 403 aa  43.9  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  28.5 
 
 		 345 aa  43.1  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  20 
 
 		 409 aa  43.1  0.009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  22.59 
 
 		 401 aa  42.7  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>