31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5512 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5512  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 393 aa  794    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142427  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3337  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.24 
 
 		 394 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0810  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.81 
 
 		 393 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0760  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  63.81 
 
 		 393 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372778  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5538  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  58.88 
 
 		 396 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4443  extracellular solute-binding protein  57.77 
 
 		 392 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4845  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  57.42 
 
 		 388 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0226871  decreased coverage  0.000145502 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1656  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 388 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.432631  normal  0.449187 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1562  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 385 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1205  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 388 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1684  extracellular solute-binding protein  57.98 
 
 		 388 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4279  extracellular solute-binding protein family 1  56.7 
 
 		 389 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796314  normal  0.290658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1609  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  56.86 
 
 		 388 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.154443 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1590  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  56.86 
 
 		 388 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6869  extracellular solute-binding protein family 1  53.89 
 
 		 419 aa  396  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.24 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4218  spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  46.65 
 
 		 413 aa  360  3e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.244138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0518  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  48.87 
 
 		 385 aa  351  2e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 380 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 381 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  21.41 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 360 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0180  extracellular solute-binding protein family 1  28.66 
 
 		 377 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  27.93 
 
 		 360 aa  50.8  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.03 
 
 		 360 aa  49.7  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3703  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 377 aa  48.9  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0182  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 382 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.455804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  28.98 
 
 		 406 aa  45.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  24.23 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  25.29 
 
 		 408 aa  43.5  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  24.71 
 
 		 386 aa  43.1  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>