48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3278 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 		 408 aa  826    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  68.72 
 
 		 406 aa  560  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  59.26 
 
 		 401 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  55.56 
 
 		 401 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  58.05 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  53.05 
 
 		 401 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  52.33 
 
 		 399 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  50.65 
 
 		 409 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  51.74 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  47.75 
 
 		 390 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  48.21 
 
 		 382 aa  355  6.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  42.31 
 
 		 435 aa  345  8e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  42.96 
 
 		 403 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  44.39 
 
 		 419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  45.21 
 
 		 380 aa  336  5e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  42.75 
 
 		 386 aa  335  9e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  48.28 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  48.28 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  48.28 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  48.28 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  48.28 
 
 		 388 aa  333  3e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  45.41 
 
 		 381 aa  333  4e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  48.01 
 
 		 388 aa  332  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  48.01 
 
 		 388 aa  331  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  48.01 
 
 		 388 aa  328  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  47.75 
 
 		 388 aa  328  8e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  40.22 
 
 		 384 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  43.46 
 
 		 429 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  41.94 
 
 		 439 aa  290  4e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  43.43 
 
 		 430 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  38.02 
 
 		 409 aa  276  7e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  38.85 
 
 		 403 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  38.92 
 
 		 410 aa  243  6e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  36.68 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  38.4 
 
 		 424 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  39.63 
 
 		 429 aa  223  6e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  25.93 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  28.88 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0518  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  26.82 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  21.39 
 
 		 360 aa  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  21.68 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  20.81 
 
 		 360 aa  47  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2752  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.59 
 
 		 418 aa  44.7  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5512  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.29 
 
 		 393 aa  43.5  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>