49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1269 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 
382 aa  785    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  73.68 
 
 
380 aa  585  1e-166  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  71.5 
 
 
386 aa  580  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  69.09 
 
 
403 aa  569  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  65.74 
 
 
381 aa  502  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  48.09 
 
 
409 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  48.72 
 
 
401 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  46.63 
 
 
406 aa  361  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  48.21 
 
 
408 aa  355  5.999999999999999e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  46.47 
 
 
388 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  43.49 
 
 
390 aa  323  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  45.92 
 
 
388 aa  322  6e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  45.92 
 
 
388 aa  322  6e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  45.92 
 
 
388 aa  322  6e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  45.92 
 
 
388 aa  322  6e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  45.92 
 
 
388 aa  322  7e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  46.2 
 
 
388 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  45.38 
 
 
388 aa  319  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  45.38 
 
 
388 aa  317  3e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  39.43 
 
 
435 aa  314  1.9999999999999998e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  41.73 
 
 
419 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  39.41 
 
 
399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  40.96 
 
 
401 aa  305  7e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  40.16 
 
 
401 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  38.87 
 
 
401 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  41.98 
 
 
404 aa  300  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  41.99 
 
 
373 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  37.16 
 
 
384 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  35.64 
 
 
439 aa  235  9e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  35.67 
 
 
429 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  33.78 
 
 
409 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  37.42 
 
 
410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  38.2 
 
 
430 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  34.2 
 
 
403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  34.88 
 
 
429 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  32.33 
 
 
424 aa  160  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  22.42 
 
 
375 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.12 
 
 
377 aa  63.9  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  23.96 
 
 
409 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.22 
 
 
325 aa  52.4  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 
355 aa  47.8  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3337  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.13 
 
 
394 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  23.87 
 
 
367 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  23.87 
 
 
367 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.42 
 
 
348 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.42 
 
 
348 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.42 
 
 
348 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.42 
 
 
348 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.42 
 
 
348 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>