45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2153 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 404 aa  814    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  55.47 
 
 		 401 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  53.3 
 
 		 401 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  54.67 
 
 		 401 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  52.27 
 
 		 406 aa  393  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  52.79 
 
 		 399 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  50.89 
 
 		 408 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  48.11 
 
 		 409 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  48.98 
 
 		 401 aa  373  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  40.75 
 
 		 382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  38.77 
 
 		 403 aa  298  1e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  38.99 
 
 		 381 aa  293  5e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  39.8 
 
 		 380 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  37.66 
 
 		 386 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  41.3 
 
 		 435 aa  283  5.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  41.45 
 
 		 390 aa  280  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  39.84 
 
 		 419 aa  269  8e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  41.6 
 
 		 388 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  41.6 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  41.6 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  41.6 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  41.6 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  41.33 
 
 		 388 aa  266  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  41.33 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  41.07 
 
 		 388 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  37.77 
 
 		 384 aa  260  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  40.8 
 
 		 388 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  38.67 
 
 		 439 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  38.61 
 
 		 410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  37.92 
 
 		 430 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  33.86 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  34.4 
 
 		 409 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  36.65 
 
 		 429 aa  210  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  37.83 
 
 		 424 aa  206  5e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  33.33 
 
 		 373 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  34.65 
 
 		 403 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.72 
 
 		 377 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  25.22 
 
 		 395 aa  57  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2181  ABC transporter substrate binding protein  24 
 
 		 409 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.459496  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 358 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1590  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  28.36 
 
 		 388 aa  45.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1609  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  27.86 
 
 		 388 aa  43.9  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.154443 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>