42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1888 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 388 aa  792    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  792    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  98.2 
 
 		 388 aa  781    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  98.45 
 
 		 388 aa  778    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  97.94 
 
 		 388 aa  728    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  99.74 
 
 		 388 aa  790    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  98.45 
 
 		 388 aa  780    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 		 388 aa  792    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  792    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  73.45 
 
 		 390 aa  584  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  47.97 
 
 		 406 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  45.82 
 
 		 403 aa  348  7e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  44.95 
 
 		 386 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  48.28 
 
 		 408 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  46.09 
 
 		 380 aa  347  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  45.45 
 
 		 382 aa  339  5e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  44.56 
 
 		 409 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  45.64 
 
 		 401 aa  336  2.9999999999999997e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  45.72 
 
 		 401 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  44.11 
 
 		 381 aa  331  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  44.41 
 
 		 401 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  43.33 
 
 		 401 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  42.4 
 
 		 399 aa  305  6e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  41.39 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  40.52 
 
 		 435 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 404 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  38.25 
 
 		 384 aa  266  5e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  42.25 
 
 		 439 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  38.86 
 
 		 373 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  38.58 
 
 		 409 aa  244  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  39.64 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  41.62 
 
 		 430 aa  235  9e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  40.37 
 
 		 410 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  37.77 
 
 		 429 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  37.54 
 
 		 429 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  34.29 
 
 		 424 aa  179  9e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.9 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 375 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  24.7 
 
 		 360 aa  47.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.39 
 
 		 360 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 380 aa  43.9  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>