40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01789 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  100 
 
 		 384 aa  796    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  52.69 
 
 		 419 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  51.6 
 
 		 435 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  47.55 
 
 		 401 aa  363  4e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  42.28 
 
 		 406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  41.3 
 
 		 409 aa  301  9e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  40.22 
 
 		 408 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  39.89 
 
 		 401 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  39.89 
 
 		 401 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  40.33 
 
 		 399 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  38.25 
 
 		 401 aa  279  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  38.65 
 
 		 403 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  39.4 
 
 		 390 aa  272  8.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  37.77 
 
 		 380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  37.16 
 
 		 382 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000820878  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  36.39 
 
 		 381 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  35.95 
 
 		 386 aa  266  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000277117  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  37.77 
 
 		 404 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000427732 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  38.25 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  38.02 
 
 		 388 aa  252  9.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  37.98 
 
 		 388 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  37.98 
 
 		 388 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  37.98 
 
 		 388 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  37.98 
 
 		 388 aa  250  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  37.98 
 
 		 388 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  37.98 
 
 		 388 aa  249  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  37.43 
 
 		 388 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  35.71 
 
 		 429 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  34.75 
 
 		 439 aa  209  5e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  35.99 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  32.97 
 
 		 373 aa  203  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  32.45 
 
 		 409 aa  193  5e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  33.54 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  31.25 
 
 		 410 aa  173  5e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  29.77 
 
 		 429 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  30.5 
 
 		 424 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5613  ABC transporter substrate binding protein  27.05 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6580  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 		 381 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.384654  normal  0.213985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  22.3 
 
 		 375 aa  47.4  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>