209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1583 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1583  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 163 aa  328  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.104279  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1353  manganese transport regulator MntR  70.71 
 
 		 170 aa  205  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.895463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2426  manganese transport regulator MntR  72.26 
 
 		 152 aa  199  9e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1619  DtxR family iron dependent repressor  69.5 
 
 		 153 aa  186  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123273 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3888  manganese transport regulator MntR  71.97 
 
 		 166 aa  185  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3596  manganese transport regulator MntR  71.97 
 
 		 166 aa  185  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4272  manganese transport regulator MntR  68.79 
 
 		 171 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405335  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3626  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  71.43 
 
 		 153 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3941  DtxR family iron dependent repressor  71.21 
 
 		 163 aa  179  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.02597 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4423  manganese transport regulator MntR  63.95 
 
 		 153 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00784  DNA-binding transcriptional regulator of mntH  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2825  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00801  hypothetical protein  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1304  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 157 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.581866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2531  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0874  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0887  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.185812  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2826  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.876091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0841  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  175  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.515904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0966  manganese transport regulator MntR  62.86 
 
 		 155 aa  174  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0782983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0933  manganese transport regulator MntR  61.87 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0903  manganese transport regulator MntR  61.87 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0875  manganese transport regulator MntR  61.87 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0987  manganese transport regulator MntR  61.87 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0966  manganese transport regulator MntR  61.87 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00918  manganese transport regulator MntR  66.92 
 
 		 155 aa  171  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0409262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2291  manganese transport regulator MntR  62.5 
 
 		 156 aa  167  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466027 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0301  manganese transport regulator MntR  60.28 
 
 		 164 aa  164  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0279959  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0329  manganese transport regulator MntR  60.28 
 
 		 164 aa  163  8e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.930858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1915  manganese transport regulator MntR  51.33 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00170642  decreased coverage  0.00000058092 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2677  manganese transport regulator MntR  54.29 
 
 		 149 aa  138  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0464566  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3611  DtxR family iron dependent repressor  53.03 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.321459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3949  DtxR family iron dependent repressor  53.03 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.592113  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1555  manganese transport regulator MntR  49.25 
 
 		 141 aa  121  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416104  normal  0.0630822 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3400  manganese transport regulator MntR  47.97 
 
 		 155 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0867  manganese transport regulator MntR  48.41 
 
 		 139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1686  manganese transport regulator MntR  47.59 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187072 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2011  manganese transport transcriptional regulator  48.62 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1053  DtxR family iron dependent repressor  37.4 
 
 		 154 aa  95.1  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1132  DtxR family iron dependent repressor  34.88 
 
 		 160 aa  89  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.179229 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1664  DtxR family iron dependent repressor  33.33 
 
 		 163 aa  85.9  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0973  iron dependent repressor  39.81 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0171137 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2328  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  41.44 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2490  iron dependent repressor  39.84 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1581  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.17 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000557484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0227  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4057  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2346  manganese transport transcriptional regulator  39.05 
 
 		 142 aa  77.4  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4277  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4108  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3946  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3957  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295063  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4333  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4428  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4224  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2897  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000708107  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0776  iron dependent repressor  36.04 
 
 		 163 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4314  manganese transport transcriptional regulator  39.05 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0920  manganese transport transcriptional regulator  39.05 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12960  Mn-dependent transcriptional regulator  32.79 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.236692  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0114  iron-dependent transcriptional regulator  38.21 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.272637  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2411  iron dependent repressor  36.7 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2721  iron dependent repressor  37.96 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.102703  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2813  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  34.26 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.957834 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1404  manganese transport transcriptional regulator  35.09 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02690  iron dependent repressor  36.45 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1457  hypothetical protein  34.23 
 
 		 160 aa  70.1  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.504372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0797  iron dependent repressor  36.21 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0973  iron dependent repressor  36.54 
 
 		 148 aa  68.9  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106771  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1535  iron-dependent transcriptional repressor  33.06 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.35634  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0854  hypothetical protein  35.19 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.513797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0620  DtxR family iron dependent repressor  32.5 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000404291  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1620  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.96 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.303579  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3776  iron dependent repressor  33.33 
 
 		 137 aa  67  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259389  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0633  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  38.94 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000139622  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33150  Mn-dependent transcriptional regulator  37.38 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.011235  normal  0.509126 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2391  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.85 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895819 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1950  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  36.61 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.641152 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1871  iron dependent repressor  30.23 
 
 		 226 aa  64.7  0.0000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1105  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.58 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000518249  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1279  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  38.61 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1582  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.85 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0097  iron dependent repressor, putative  36.79 
 
 		 238 aa  61.6  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0071213  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1760  transcriptional regulator, MarR family  33.04 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3768  DtxR family iron dependent repressor  33.87 
 
 		 177 aa  61.6  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000422778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0974  iron dependent repressor  35.51 
 
 		 134 aa  62  0.000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.431439  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1567  iron dependent repressor  29.13 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1655  iron dependent repressor  35.51 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3322  DtxR family iron dependent repressor  36.27 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4172  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.78 
 
 		 227 aa  61.2  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.983941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1669  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.4 
 
 		 239 aa  61.2  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0258  DtxR family iron dependent repressor  35.51 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1402  DtxR family iron dependent repressor  30 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000267968  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1549  iron dependent repressor  38.1 
 
 		 160 aa  60.8  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.168929  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0904  Iron dependent repressor  37.04 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000581778  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2658  DtxR family iron dependent repressor  34.91 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303372  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0302  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  35.85 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.298992  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1369  Mn-dependent transcriptional regulator  35.35 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.102352  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0029  iron dependent repressor  29.17 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20030  Mn-dependent transcriptional regulator  29.23 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.487475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>