250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3611 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3949  DtxR family iron dependent repressor  100 
 
 		 152 aa  304  2.0000000000000002e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.592113  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3611  DtxR family iron dependent repressor  100 
 
 		 152 aa  304  2.0000000000000002e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.321459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4272  manganese transport regulator MntR  55.7 
 
 		 171 aa  147  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405335  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2677  manganese transport regulator MntR  58.02 
 
 		 149 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0464566  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3626  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  59.38 
 
 		 153 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1915  manganese transport regulator MntR  54.76 
 
 		 156 aa  141  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00170642  decreased coverage  0.00000058092 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3596  manganese transport regulator MntR  57.14 
 
 		 166 aa  141  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3888  manganese transport regulator MntR  57.14 
 
 		 166 aa  141  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3941  DtxR family iron dependent repressor  58.59 
 
 		 163 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.02597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2426  manganese transport regulator MntR  56.35 
 
 		 152 aa  137  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00918  manganese transport regulator MntR  55.81 
 
 		 155 aa  137  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0409262  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1619  DtxR family iron dependent repressor  56.69 
 
 		 153 aa  136  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123273 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1353  manganese transport regulator MntR  53.79 
 
 		 170 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.895463 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2291  manganese transport regulator MntR  55.91 
 
 		 156 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466027 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4423  manganese transport regulator MntR  54.2 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1304  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.581866  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00784  DNA-binding transcriptional regulator of mntH  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2825  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00801  hypothetical protein  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2826  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.876091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2531  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0841  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.515904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0874  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0887  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.185812  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0966  manganese transport regulator MntR  52.63 
 
 		 155 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0782983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1583  transcriptional regulator LysR family  53.03 
 
 		 163 aa  133  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.104279  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0903  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0966  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0933  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1555  manganese transport regulator MntR  54.2 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416104  normal  0.0630822 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0987  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0875  manganese transport regulator MntR  52.38 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0301  manganese transport regulator MntR  57.02 
 
 		 164 aa  128  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0279959  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0329  manganese transport regulator MntR  55.37 
 
 		 164 aa  127  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.930858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3400  manganese transport regulator MntR  52.67 
 
 		 155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0867  manganese transport regulator MntR  50.83 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1132  DtxR family iron dependent repressor  36.03 
 
 		 160 aa  102  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.179229 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1686  manganese transport regulator MntR  49.23 
 
 		 159 aa  99  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187072 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1664  DtxR family iron dependent repressor  34.4 
 
 		 163 aa  97.4  5e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2011  manganese transport transcriptional regulator  45.37 
 
 		 143 aa  97.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1053  DtxR family iron dependent repressor  37.3 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2346  manganese transport transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0227  manganese transport transcriptional regulator  40.95 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2490  iron dependent repressor  44.76 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4057  manganese transport transcriptional regulator  39.05 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4277  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4108  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3946  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3957  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295063  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4428  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4333  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4224  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1105  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  38.89 
 
 		 121 aa  80.1  0.000000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000518249  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0920  manganese transport transcriptional regulator  38.79 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4314  manganese transport transcriptional regulator  40.37 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2897  manganese transport transcriptional regulator  39.05 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000708107  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0776  iron dependent repressor  33.63 
 
 		 163 aa  77.4  0.00000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1191  DtxR family iron dependent repressor  34.19 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.687761  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2813  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  38.46 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.957834 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0973  iron dependent repressor  37.04 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0171137 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1457  hypothetical protein  32.74 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.504372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0588  iron dependent repressor  40.19 
 
 		 221 aa  73.9  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4418  DtxR family iron dependent repressor  39.5 
 
 		 224 aa  74.3  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2089  iron dependent repressor  37.11 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.100322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1669  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  40 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0797  iron dependent repressor  35.96 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1581  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  36.61 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000557484  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2802  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  31.39 
 
 		 172 aa  73.2  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0633  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  41.23 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000139622  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3457  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  32.23 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300456  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2328  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  34.86 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1313  iron dependent repressor  40 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.244265  normal  0.0126962 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2391  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.19 
 
 		 237 aa  71.2  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895819 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0620  DtxR family iron dependent repressor  32.14 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000404291  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0973  iron dependent repressor  36.11 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.106771  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12870  Mn-dependent transcriptional regulator  39.82 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1620  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  36.21 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.303579  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0626  DtxR family iron (metal) dependent repressor  38.71 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0317366  normal  0.280307 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1402  DtxR family iron dependent repressor  36.11 
 
 		 159 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000267968  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0854  hypothetical protein  31.78 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.513797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0097  iron dependent repressor, putative  39.62 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0071213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0974  iron dependent repressor  38.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.431439  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1655  iron dependent repressor  38.05 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0302  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  39.32 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.298992  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0258  DtxR family iron dependent repressor  38.05 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1404  manganese transport transcriptional regulator  35.14 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1535  iron-dependent transcriptional repressor  32.5 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.35634  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1567  iron dependent repressor  37.17 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1279  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  41.67 
 
 		 218 aa  67.4  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2658  DtxR family iron dependent repressor  36.36 
 
 		 237 aa  64.7  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303372  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2226  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  33.61 
 
 		 240 aa  64.7  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1487  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.61 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2267  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  37.61 
 
 		 226 aa  64.3  0.0000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1950  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  39.09 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.641152 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0657  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  40.17 
 
 		 214 aa  63.9  0.0000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.886666  normal  0.0828906 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0114  iron-dependent transcriptional regulator  35.65 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.272637  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1871  iron dependent repressor  33.62 
 
 		 226 aa  63.5  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3322  DtxR family iron dependent repressor  33.06 
 
 		 230 aa  63.5  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1495  iron (metal) dependent repressor, DtxR family  33.08 
 
 		 138 aa  63.5  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0198257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1506  iron dependent repressor  37.17 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.152976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>