More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0184 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0184  hypothetical protein  100 
 
 		 211 aa  417  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4054  protein of unknown function UPF0126  83.41 
 
 		 211 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4375  protein of unknown function UPF0126  81.99 
 
 		 211 aa  348  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133471  normal  0.220192 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3452  hypothetical protein  69.67 
 
 		 211 aa  295  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4020  hypothetical protein  71.83 
 
 		 210 aa  276  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0179  hypothetical protein  57.55 
 
 		 218 aa  239  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400734  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0170  hypothetical protein  54.98 
 
 		 218 aa  228  7e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0163  hypothetical protein  54.98 
 
 		 218 aa  228  7e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1842  hypothetical protein  50 
 
 		 213 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310019  normal  0.555417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0991  hypothetical protein  44.93 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.31278  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1303  hypothetical protein  50.25 
 
 		 209 aa  174  7e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.306176 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4184  hypothetical protein  49.27 
 
 		 212 aa  174  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.655016 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3856  hypothetical protein  49.27 
 
 		 212 aa  174  9e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134324  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4861  hypothetical protein  47.47 
 
 		 210 aa  174  9e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3616  hypothetical protein  45.15 
 
 		 210 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2574  hypothetical protein  44.86 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0581628  hitchhiker  0.000000675229 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0500  hypothetical protein  46.38 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0879  protein of unknown function UPF0126  44.39 
 
 		 204 aa  155  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0525  hypothetical protein  44.44 
 
 		 208 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.262098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3918  hypothetical protein  48.42 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1380  hypothetical protein  44.67 
 
 		 204 aa  144  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0997848  normal  0.891474 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1550  hypothetical protein  44.44 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1175  hypothetical protein  39.29 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.649225  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2782  hypothetical protein  36.63 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2651  hypothetical protein  36.63 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3514  hypothetical protein  46 
 
 		 213 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.996987 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2223  hypothetical protein  40.39 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.100096  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0760  hypothetical protein  36.79 
 
 		 197 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2169  inner membrane protein  34.01 
 
 		 213 aa  123  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002864  hypothetical protein  35 
 
 		 207 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.858432  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1394  protein of unknown function UPF0126  37.95 
 
 		 205 aa  121  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.138682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1112  hypothetical protein  34.15 
 
 		 208 aa  121  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2816  protein of unknown function UPF0126  37.63 
 
 		 205 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.830347  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03112  hypothetical protein  35.03 
 
 		 207 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09293  membrane protein  36.32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.294649  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1960  hypothetical protein  37.07 
 
 		 206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2677  hypothetical protein  35.15 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0757609  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1204  hypothetical protein  36.55 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0582912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1203  hypothetical protein  36.04 
 
 		 213 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00337207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1274  hypothetical protein  36.04 
 
 		 213 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000881867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1115  membrane protein  36.63 
 
 		 204 aa  117  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0852  hypothetical protein  36.54 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1348  protein of unknown function UPF0126  35.03 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.028372  hitchhiker  0.0000000000418622 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00920  hypothetical protein  35.44 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1772  protein of unknown function UPF0126  41.29 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000240599  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1698  hypothetical protein  34.01 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.968956  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3173  hypothetical protein  35.03 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000247135  hitchhiker  0.00171322 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3015  hypothetical protein  35.03 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00092658  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3030  hypothetical protein  35.03 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000814353  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2567  inner membrane protein  34.16 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.502771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4342  hypothetical protein  33.69 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50920  hypothetical protein  33.69 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000428082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3342  hypothetical protein  35.2 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0604  hypothetical protein  35.86 
 
 		 201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000379798  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0409  hypothetical protein  32.37 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004474  putative inner membrane protein  35.78 
 
 		 206 aa  116  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0350  hypothetical protein  35.75 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1491  conserved hypothetical integral membrane protein (UPF0126 domain protein)  30.92 
 
 		 208 aa  115  3.9999999999999997e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1214  hypothetical protein  33.17 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0437214 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1141  hypothetical protein  35.42 
 
 		 212 aa  115  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0103239  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0722  hypothetical protein  34.98 
 
 		 211 aa  115  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2804  hypothetical protein  33.5 
 
 		 208 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.549695  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1024  hypothetical protein  35.71 
 
 		 206 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0468656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2969  hypothetical protein  32.84 
 
 		 208 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.59212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2854  hypothetical protein  35.38 
 
 		 209 aa  114  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209726 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4901  hypothetical protein  31.68 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4777  hypothetical protein  31.68 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.470301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2205  protein of unknown function UPF0126  30.1 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4692  hypothetical protein  31.68 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0433  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2877  hypothetical protein  33.99 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329871  hitchhiker  0.000226111 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2959  hypothetical protein  33.99 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.636887  normal  0.0284758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0870  hypothetical protein  34.69 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.616809  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1319  hypothetical protein  34.15 
 
 		 208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2916  hypothetical protein  34.95 
 
 		 206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1831  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110728  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1774  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0831  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.144812  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0791  hypothetical protein  33.5 
 
 		 211 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0340  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.631596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1122  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.218904  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4643  hypothetical protein  31.55 
 
 		 222 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.465258  hitchhiker  0.0000135142 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0622  hypothetical protein  34.85 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000256648  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1131  hypothetical protein  33.66 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.27537  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0697  hypothetical protein  35.41 
 
 		 207 aa  112  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3055  hypothetical protein  33.5 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0535715 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4832  hypothetical protein  32.98 
 
 		 203 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5425  hypothetical protein  32.98 
 
 		 203 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.175099  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5437  hypothetical protein  32.98 
 
 		 203 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410066  normal  0.746562 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2144  hypothetical protein  34.24 
 
 		 202 aa  111  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4251  hypothetical protein  36.63 
 
 		 206 aa  111  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0998  hypothetical protein  35.68 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2603  hypothetical protein  33.33 
 
 		 213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.624077  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2235  hypothetical protein  35.96 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.147836  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4741  hypothetical protein  39.75 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1250  hypothetical protein  33.66 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.367053  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1173  hypothetical protein  33.66 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0855437  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3140  protein of unknown function UPF0126  33.66 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1963  protein of unknown function UPF0126  29.76 
 
 		 206 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1217  hypothetical protein  33.66 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.595992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>