More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1112 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1112  hypothetical protein  100 
 
 		 208 aa  410  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1214  hypothetical protein  91.83 
 
 		 211 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0437214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1024  hypothetical protein  83.98 
 
 		 206 aa  346  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0468656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2959  hypothetical protein  82.21 
 
 		 208 aa  345  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.636887  normal  0.0284758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2877  hypothetical protein  81.73 
 
 		 208 aa  343  7e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0329871  hitchhiker  0.000226111 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3055  hypothetical protein  82.21 
 
 		 208 aa  343  8.999999999999999e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0535715 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0998  hypothetical protein  79.71 
 
 		 207 aa  340  9e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1319  hypothetical protein  80.29 
 
 		 208 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1217  hypothetical protein  79.81 
 
 		 208 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.595992  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1131  hypothetical protein  79.81 
 
 		 208 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.27537  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1173  hypothetical protein  79.81 
 
 		 208 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0855437  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3140  protein of unknown function UPF0126  79.81 
 
 		 208 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.196277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1250  hypothetical protein  79.81 
 
 		 208 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.367053  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2969  hypothetical protein  78.26 
 
 		 208 aa  332  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.59212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0852  hypothetical protein  76.7 
 
 		 207 aa  328  4e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2804  hypothetical protein  73.91 
 
 		 208 aa  315  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.549695  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2567  inner membrane protein  59 
 
 		 203 aa  246  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.502771  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004474  putative inner membrane protein  58.5 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00920  hypothetical protein  59.5 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1960  hypothetical protein  59.3 
 
 		 206 aa  238  5e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0697  hypothetical protein  55.61 
 
 		 207 aa  231  8.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4741  hypothetical protein  56.19 
 
 		 219 aa  214  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0226  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0179127  normal  0.896873 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0228  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0244  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.127833  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0225  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0242  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  208  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00156  conserved inner membrane protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115272  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3445  protein of unknown function UPF0126  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3502  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00155  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0756868  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0162  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0161  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0169  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0149  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  207  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0167  hypothetical protein  56.1 
 
 		 207 aa  206  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0785  hypothetical protein  56.72 
 
 		 204 aa  204  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0870  hypothetical protein  51.74 
 
 		 208 aa  201  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.616809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3456  hypothetical protein  53.73 
 
 		 204 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3327  hypothetical protein  53.73 
 
 		 204 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0991  hypothetical protein  53.73 
 
 		 204 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.612346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0350  hypothetical protein  51.69 
 
 		 246 aa  194  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1380  hypothetical protein  57.58 
 
 		 204 aa  187  8e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0997848  normal  0.891474 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4251  hypothetical protein  46.53 
 
 		 206 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3015  hypothetical protein  42.64 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00092658  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1348  protein of unknown function UPF0126  42.64 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.028372  hitchhiker  0.0000000000418622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3030  hypothetical protein  42.64 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000814353  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3173  hypothetical protein  42.64 
 
 		 213 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000247135  hitchhiker  0.00171322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2350  hypothetical protein  50 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.150454  hitchhiker  0.00895518 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2677  hypothetical protein  39.61 
 
 		 217 aa  158  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0757609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1203  hypothetical protein  41.26 
 
 		 213 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00337207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1274  hypothetical protein  41.26 
 
 		 213 aa  157  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000881867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3342  hypothetical protein  42 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0698  protein of unknown function UPF0126  44.21 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.495455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0604  hypothetical protein  47.69 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000379798  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1204  hypothetical protein  40.78 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0582912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1491  conserved hypothetical integral membrane protein (UPF0126 domain protein)  44.28 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09293  membrane protein  41.06 
 
 		 209 aa  154  9e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.294649  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1076  hypothetical protein  45.18 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.118965  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2235  hypothetical protein  42.35 
 
 		 200 aa  152  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.147836  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4342  hypothetical protein  39.47 
 
 		 206 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50920  hypothetical protein  39.47 
 
 		 206 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000428082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4901  hypothetical protein  39.27 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0516  hypothetical protein  41.08 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.292821  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4692  hypothetical protein  39.27 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4777  hypothetical protein  39.27 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.470301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1772  protein of unknown function UPF0126  43.65 
 
 		 209 aa  147  9e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000240599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2169  inner membrane protein  39.5 
 
 		 213 aa  147  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4949  hypothetical protein  42.11 
 
 		 203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0991  hypothetical protein  39.9 
 
 		 238 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.31278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2782  hypothetical protein  35.64 
 
 		 209 aa  144  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2651  hypothetical protein  35.64 
 
 		 209 aa  144  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0565  hypothetical protein  42.11 
 
 		 203 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002864  hypothetical protein  37.95 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.858432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4953  hypothetical protein  39.27 
 
 		 203 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58893  normal  0.356767 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0622  hypothetical protein  43.16 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000256648  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1115  membrane protein  39.51 
 
 		 204 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2854  hypothetical protein  42 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209726 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01709  hypothetical protein  34.3 
 
 		 216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03112  hypothetical protein  37.44 
 
 		 207 aa  139  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0409  hypothetical protein  36.32 
 
 		 223 aa  139  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5003  protein of unknown function UPF0126  38.58 
 
 		 202 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.001994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2272  hypothetical protein  35.27 
 
 		 208 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2205  protein of unknown function UPF0126  41.05 
 
 		 206 aa  138  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1975  hypothetical protein  40.86 
 
 		 208 aa  138  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2816  protein of unknown function UPF0126  43.88 
 
 		 205 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.830347  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6354  protein of unknown function UPF0126  37.81 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2271  protein of unknown function UPF0126  40.32 
 
 		 208 aa  136  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4643  hypothetical protein  39.29 
 
 		 222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.465258  hitchhiker  0.0000135142 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2079  protein of unknown function UPF0126  43.2 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1698  hypothetical protein  37.56 
 
 		 207 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.968956  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03503  conserved inner membrane protein  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0059  protein of unknown function UPF0126  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0065  hypothetical protein  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0883885  hitchhiker  0.000264981 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0879  protein of unknown function UPF0126  43.23 
 
 		 204 aa  135  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03455  hypothetical protein  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4097  hypothetical protein  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3609  protein of unknown function UPF0126  39.46 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4149  hypothetical protein  44.16 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.375876  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0647  protein of unknown function UPF0126  39.29 
 
 		 217 aa  135  4e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>