More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0688 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0688  ribosomal protein S16  100 
 
 
128 aa  252  1.0000000000000001e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000224694  hitchhiker  0.000468142 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1378  ribosomal protein S16  66.67 
 
 
81 aa  125  3e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000172433  normal  0.497883 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00310  SSU ribosomal protein S16P  71.05 
 
 
80 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.00000000491979  decreased coverage  0.00000000000378635 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10970  SSU ribosomal protein S16P  66.67 
 
 
81 aa  117  4.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000033138  unclonable  0.00000000137998 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0769  30S ribosomal protein S16  64 
 
 
81 aa  107  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000269081  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  103  6e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  60 
 
 
81 aa  103  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  53.41 
 
 
139 aa  103  8e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1328  ribosomal protein S16  55.26 
 
 
146 aa  102  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.519364 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  55.84 
 
 
91 aa  103  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1388  SSU ribosomal protein S16P  57.14 
 
 
85 aa  101  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0159057  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1712  30S ribosomal protein S16  56 
 
 
86 aa  101  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  47.17 
 
 
121 aa  100  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  58.44 
 
 
152 aa  100  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1634  ribosomal protein S16  61.11 
 
 
96 aa  99.8  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
130 aa  99.4  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0798  SSU ribosomal protein S16P  56.76 
 
 
96 aa  99.4  1e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268891  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2450  30S ribosomal protein S16  56 
 
 
87 aa  99  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000801266  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1369  SSU ribosomal protein S16P  55.81 
 
 
82 aa  99  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000301445  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  55 
 
 
116 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1416  ribosomal protein S16  59.46 
 
 
82 aa  99  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000269941  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  55 
 
 
116 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1358  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  98.6  3e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000511359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  55.41 
 
 
86 aa  97.8  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0271  ribosomal protein S16  56.41 
 
 
80 aa  97.8  4e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000138146  normal  0.906741 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1352  ribosomal protein S16  55.26 
 
 
91 aa  98.2  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000135994  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  55.13 
 
 
120 aa  97.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1197  30S ribosomal protein S16  59.46 
 
 
88 aa  97.4  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00460539  normal  0.0958126 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  56.41 
 
 
122 aa  97.4  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0035  ribosomal protein S16  52.7 
 
 
204 aa  97.4  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.173963  normal  0.182146 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  53.75 
 
 
130 aa  97.4  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  55 
 
 
124 aa  97.4  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1303  ribosomal protein S16  53.33 
 
 
81 aa  97.1  7e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0170665  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  50.65 
 
 
123 aa  97.1  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1497  30S ribosomal protein S16  54.67 
 
 
88 aa  96.3  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.155145  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1506  30S ribosomal protein S16  54.05 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000148464  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3943  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000144012  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3886  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000793752  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3695  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000036513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3585  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.24703e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3603  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000351748  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3892  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000076365  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3982  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000152128  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  55 
 
 
120 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3858  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.93273e-63 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3667  30S ribosomal protein S16  56.76 
 
 
90 aa  95.9  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000528742  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
116 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2117  30S ribosomal protein S16  44.55 
 
 
192 aa  95.1  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.595697 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0968  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 
81 aa  94.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000054377  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1098  30S ribosomal protein S16  56 
 
 
85 aa  95.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00129235  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  53.75 
 
 
120 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  53.75 
 
 
119 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
119 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  44.04 
 
 
123 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  50 
 
 
201 aa  94.7  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2496  30S ribosomal protein S16  55.41 
 
 
90 aa  94.4  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  51.25 
 
 
124 aa  94.4  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07300  ribosomal protein S16  53.33 
 
 
88 aa  94.4  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.83606e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  51.9 
 
 
110 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  51.25 
 
 
107 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  51.25 
 
 
106 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1663  30S ribosomal protein S16  46.74 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000254638  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1300  30S ribosomal protein S16  55.41 
 
 
90 aa  94  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000139404  unclonable  4.2704600000000004e-26 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
120 aa  94  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
120 aa  94  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1088  30S ribosomal protein S16  54.05 
 
 
90 aa  93.6  8e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000001932  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  44.04 
 
 
123 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  52.5 
 
 
154 aa  93.2  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1501  ribosomal protein S16  49.38 
 
 
83 aa  93.2  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.019119  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1398  ribosomal protein S16  53.95 
 
 
131 aa  92.4  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00441352 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  56.58 
 
 
81 aa  92.4  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  56.58 
 
 
81 aa  92.4  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  50 
 
 
122 aa  92  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  50 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  58.9 
 
 
89 aa  91.3  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0109  30S ribosomal protein S16  54.05 
 
 
119 aa  91.3  4e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  58.9 
 
 
89 aa  91.3  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  44.09 
 
 
185 aa  91.7  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3760  30S ribosomal protein S16  51.35 
 
 
88 aa  91.3  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0113592  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0542  30S ribosomal protein S16  53.42 
 
 
82 aa  90.9  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000153303  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  54.32 
 
 
110 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2309  ribosomal protein S16  53.33 
 
 
82 aa  90.9  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000155548  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1301  30S ribosomal protein S16  52.94 
 
 
188 aa  90.5  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  47.52 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  53.09 
 
 
110 aa  90.1  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  51.85 
 
 
141 aa  90.5  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3493  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 
88 aa  90.5  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.18951e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3431  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 
88 aa  90.5  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000117102  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2997  ribosomal protein S16  50.67 
 
 
86 aa  90.1  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000265446  normal  0.805241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3039  ribosomal protein S16  50.67 
 
 
86 aa  90.1  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000430382  normal  0.865632 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  53.75 
 
 
134 aa  90.1  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  53.75 
 
 
134 aa  90.1  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2055  ribosomal protein S16  52.7 
 
 
89 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000864984  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2408  30S ribosomal protein S16  49.33 
 
 
81 aa  89.7  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000382163  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1417  ribosomal protein S16  52.94 
 
 
88 aa  89.7  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000010648  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2582  30S ribosomal protein S16  52 
 
 
197 aa  89.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00178967  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  53.09 
 
 
83 aa  89.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_002936  DET0568  30S ribosomal protein S16  52.05 
 
 
82 aa  88.6  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000021123  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3763  30S ribosomal protein S16  48.84 
 
 
88 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744609  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0967  SSU ribosomal protein S16P  53.33 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101615  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>