More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0509 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
107 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  96.19 
 
 
106 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  96.88 
 
 
110 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  89.72 
 
 
110 aa  189  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  87.85 
 
 
110 aa  185  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  90.62 
 
 
110 aa  178  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2780  30S ribosomal protein S16  85.05 
 
 
110 aa  177  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  66.67 
 
 
201 aa  143  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  67.71 
 
 
122 aa  140  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  60.38 
 
 
123 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  62.24 
 
 
116 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  62.24 
 
 
116 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  59.43 
 
 
123 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  62.24 
 
 
121 aa  137  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  60.2 
 
 
123 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  60.2 
 
 
116 aa  135  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  62.89 
 
 
141 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1079  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
134 aa  134  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0578935  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  63.54 
 
 
154 aa  133  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
134 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  63.54 
 
 
120 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
134 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  59.6 
 
 
124 aa  132  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  66.67 
 
 
120 aa  131  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  63.54 
 
 
119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  60.61 
 
 
130 aa  131  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  62.5 
 
 
120 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  62.5 
 
 
119 aa  130  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  61.46 
 
 
120 aa  130  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  61.46 
 
 
120 aa  130  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  62.63 
 
 
134 aa  130  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1405  30S ribosomal protein S16  59.18 
 
 
145 aa  130  7.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.321443  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0069  30S ribosomal protein S16  59.6 
 
 
120 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0915038  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  58.33 
 
 
124 aa  126  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  56.57 
 
 
130 aa  125  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  66.67 
 
 
122 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  60.64 
 
 
185 aa  124  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2153  30S ribosomal protein S16  57 
 
 
114 aa  121  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.399128  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  60.2 
 
 
152 aa  121  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3276  30S ribosomal protein S16  53.54 
 
 
113 aa  116  9e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.256511  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1185  30S ribosomal protein S16  60.64 
 
 
124 aa  114  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.426225  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  62.82 
 
 
86 aa  106  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2476  30S ribosomal protein S16  60.98 
 
 
86 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2855  30S ribosomal protein S16  60.98 
 
 
86 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  64.1 
 
 
83 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0129  30S ribosomal protein S16  61.04 
 
 
87 aa  101  3e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  61.54 
 
 
117 aa  102  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  57.65 
 
 
90 aa  101  3e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  64.86 
 
 
89 aa  101  4e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  64.86 
 
 
89 aa  101  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3770  ribosomal protein S16  60.26 
 
 
82 aa  100  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000378706  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  60.26 
 
 
82 aa  100  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2920  30S ribosomal protein S16  62.82 
 
 
83 aa  100  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000279747  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  62.82 
 
 
83 aa  100  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000121606  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1254  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
83 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000403035  hitchhiker  0.0000450288 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  59.76 
 
 
86 aa  100  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15970  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0228176  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
83 aa  99.8  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0192  30S ribosomal protein S16  58.44 
 
 
87 aa  100  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  58.54 
 
 
139 aa  99.8  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
83 aa  99.4  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
83 aa  99  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183798  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0200  30S ribosomal protein S16  67.61 
 
 
87 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198975  normal  0.0587542 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1629  30S ribosomal protein S16  56.52 
 
 
181 aa  98.6  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000966466  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
82 aa  99  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1374  30S ribosomal protein S16  57.69 
 
 
83 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0552  30S ribosomal protein S16  56.52 
 
 
137 aa  99.4  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  4.62972e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1577  30S ribosomal protein S16  62.82 
 
 
83 aa  98.6  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.473483  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
82 aa  99  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2280  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
79 aa  98.6  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0111517  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39560  30S ribosomal protein S16  57.69 
 
 
83 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.768221  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3401  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
83 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587693 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0466  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 
86 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0442  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 
86 aa  98.2  4e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  60.26 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  60.26 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3203  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 
82 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00186632  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  57.65 
 
 
91 aa  97.8  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3016  SSU ribosomal protein S16P  60.26 
 
 
83 aa  97.4  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00108733  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0392  ribosomal protein S16  60 
 
 
84 aa  97.4  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1462  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.065689  normal  0.177487 
 
 
-
 
NC_002978  WD0798  30S ribosomal protein S16  57.14 
 
 
106 aa  97.1  7e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4259  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0798  SSU ribosomal protein S16P  56.47 
 
 
96 aa  97.1  7e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268891  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1067  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.521683  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  58.97 
 
 
81 aa  96.7  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0846  ribosomal protein S16  56 
 
 
84 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000457134  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4157  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29802  normal  0.39086 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000963986  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
83 aa  96.3  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2260  ribosomal protein S16  55.84 
 
 
80 aa  95.9  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0142579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1124  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
82 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1203  30S ribosomal protein S16  55.13 
 
 
82 aa  95.5  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00503973  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  56.63 
 
 
81 aa  95.9  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  56.63 
 
 
81 aa  95.9  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1712  30S ribosomal protein S16  56.1 
 
 
86 aa  95.5  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0095  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
82 aa  95.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>