More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2607 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  100 
 
 		 121 aa  239  9e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  86.41 
 
 		 130 aa  183  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  81.55 
 
 		 130 aa  176  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  75.49 
 
 		 116 aa  166  9e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  75.49 
 
 		 116 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  75.49 
 
 		 116 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  79.38 
 
 		 124 aa  164  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  69.9 
 
 		 201 aa  156  8e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  67.52 
 
 		 185 aa  156  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  63.39 
 
 		 123 aa  154  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  63.96 
 
 		 123 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  68.93 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  65.05 
 
 		 124 aa  149  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  66.02 
 
 		 134 aa  147  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  66.02 
 
 		 134 aa  147  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2780  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 		 110 aa  147  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  68.04 
 
 		 122 aa  145  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  66.02 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  62.04 
 
 		 110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0069  30S ribosomal protein S16  64.08 
 
 		 120 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0915038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  66.67 
 
 		 110 aa  144  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  67.68 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  60.91 
 
 		 123 aa  144  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  61.74 
 
 		 152 aa  143  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  61.11 
 
 		 110 aa  142  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  66.02 
 
 		 134 aa  141  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  64.29 
 
 		 106 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  58.41 
 
 		 107 aa  140  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  66.67 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1079  30S ribosomal protein S16  63.11 
 
 		 134 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0578935  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  63 
 
 		 120 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  62.5 
 
 		 110 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  63.92 
 
 		 120 aa  135  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  63.92 
 
 		 120 aa  135  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  63.92 
 
 		 120 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1405  30S ribosomal protein S16  58.16 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.321443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  59.38 
 
 		 120 aa  127  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3276  30S ribosomal protein S16  59.62 
 
 		 113 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.256511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  64.44 
 
 		 122 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1185  30S ribosomal protein S16  59.62 
 
 		 124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.426225  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2153  30S ribosomal protein S16  55.88 
 
 		 114 aa  123  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.399128  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0129  30S ribosomal protein S16  55.81 
 
 		 87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  60.92 
 
 		 91 aa  108  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0192  30S ribosomal protein S16  53.49 
 
 		 87 aa  107  7.000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0798  30S ribosomal protein S16  61.54 
 
 		 106 aa  106  9.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0769  30S ribosomal protein S16  62.2 
 
 		 81 aa  105  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000269081  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  58.82 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1358  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000511359  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2997  ribosomal protein S16  58.62 
 
 		 86 aa  104  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000265446  normal  0.805241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3039  ribosomal protein S16  58.62 
 
 		 86 aa  104  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000430382  normal  0.865632 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1663  30S ribosomal protein S16  57.65 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000254638  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  57.14 
 
 		 81 aa  103  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1506  30S ribosomal protein S16  58.82 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000148464  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  59.76 
 
 		 90 aa  101  3e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 89 aa  101  4e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 89 aa  101  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0688  ribosomal protein S16  55 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000224694  hitchhiker  0.000468142 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1378  ribosomal protein S16  58.75 
 
 		 81 aa  99.8  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000172433  normal  0.497883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1098  30S ribosomal protein S16  57.65 
 
 		 85 aa  98.6  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00129235  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1328  ribosomal protein S16  58.54 
 
 		 146 aa  98.6  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.519364 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  55.29 
 
 		 86 aa  98.6  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0123  ribosomal protein S16  54.43 
 
 		 85 aa  98.6  3e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.622663  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2450  30S ribosomal protein S16  55.29 
 
 		 87 aa  97.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000801266  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10970  SSU ribosomal protein S16P  55 
 
 		 81 aa  98.2  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000033138  unclonable  0.00000000137998 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  56.63 
 
 		 81 aa  97.8  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  56.63 
 
 		 81 aa  97.8  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1388  SSU ribosomal protein S16P  55.95 
 
 		 85 aa  97.8  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0159057  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 82 aa  96.7  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  56.41 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1712  30S ribosomal protein S16  53.66 
 
 		 86 aa  95.5  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 82 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 82 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1352  ribosomal protein S16  51.72 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000135994  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 83 aa  95.1  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 82 aa  94.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 82 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2280  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 79 aa  94.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0111517  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1088  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000001932  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2025  ribosomal protein S16  56.1 
 
 		 81 aa  94.4  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000392366  normal  0.0104179 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0968  30S ribosomal protein S16  56.47 
 
 		 81 aa  94  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000054377  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1979  30S ribosomal protein S16  55.29 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2496  30S ribosomal protein S16  52.87 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.6  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0200  30S ribosomal protein S16  55.42 
 
 		 87 aa  93.6  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198975  normal  0.0587542 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.6  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.6  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000111213  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0804  30S ribosomal protein S16  55.17 
 
 		 91 aa  93.2  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525288  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000457134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1300  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000139404  unclonable  4.2704600000000004e-26 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000963986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011785  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2871  30S ribosomal protein S16  56.47 
 
 		 88 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000408452  hitchhiker  0.000000516516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1416  ribosomal protein S16  59.76 
 
 		 82 aa  92.8  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000269941  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 81 aa  92  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39161  Putative mitochondrial ribosomal protein S16  50 
 
 		 102 aa  92  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1577  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 83 aa  92.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.473483  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 83 aa  92  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000121606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1203  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00503973  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>