More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3352 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
120 aa  231  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  73.96 
 
 
122 aa  154  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  76.67 
 
 
122 aa  150  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  70 
 
 
120 aa  147  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  70.83 
 
 
120 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  70.83 
 
 
120 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  70.83 
 
 
120 aa  144  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  62.14 
 
 
201 aa  143  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  65.05 
 
 
141 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  63.11 
 
 
154 aa  140  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  64.65 
 
 
119 aa  139  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  65.62 
 
 
119 aa  138  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  59.22 
 
 
130 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  64.08 
 
 
134 aa  137  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  64.08 
 
 
134 aa  137  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  64.22 
 
 
107 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  61.17 
 
 
121 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  58.33 
 
 
123 aa  136  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  58.33 
 
 
123 aa  136  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  64.15 
 
 
106 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1079  30S ribosomal protein S16  62.14 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0578935  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0069  30S ribosomal protein S16  61.17 
 
 
120 aa  134  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0915038  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  59.17 
 
 
152 aa  133  7.000000000000001e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  65.62 
 
 
110 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  60.19 
 
 
124 aa  130  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  60.19 
 
 
185 aa  130  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  58.33 
 
 
110 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  60.19 
 
 
110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  55.24 
 
 
123 aa  128  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  60.19 
 
 
134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2780  30S ribosomal protein S16  58.33 
 
 
110 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  55.34 
 
 
130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1185  30S ribosomal protein S16  63.21 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.426225  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  61.46 
 
 
110 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  54.9 
 
 
116 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  54.9 
 
 
116 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  53.92 
 
 
116 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1405  30S ribosomal protein S16  52.04 
 
 
145 aa  119  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.321443  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  54.17 
 
 
124 aa  117  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2153  30S ribosomal protein S16  59.22 
 
 
114 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.399128  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3276  30S ribosomal protein S16  52.88 
 
 
113 aa  115  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.256511  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1388  SSU ribosomal protein S16P  67.53 
 
 
85 aa  106  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0159057  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0769  30S ribosomal protein S16  61.45 
 
 
81 aa  104  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000269081  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0798  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
106 aa  104  5e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
86 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  56.63 
 
 
139 aa  101  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1328  ribosomal protein S16  64.94 
 
 
146 aa  101  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.519364 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1634  ribosomal protein S16  57.45 
 
 
96 aa  100  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 
91 aa  100  7e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1197  30S ribosomal protein S16  61.18 
 
 
88 aa  100  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00460539  normal  0.0958126 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1358  30S ribosomal protein S16  58.44 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000511359  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1352  ribosomal protein S16  57.65 
 
 
91 aa  99.8  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000135994  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1663  30S ribosomal protein S16  52.94 
 
 
90 aa  100  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000254638  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1506  30S ribosomal protein S16  52.94 
 
 
90 aa  99  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000148464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  57.14 
 
 
81 aa  97.8  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0123  ribosomal protein S16  52.5 
 
 
85 aa  97.8  4e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.622663  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0688  ribosomal protein S16  55.13 
 
 
128 aa  97.8  4e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000224694  hitchhiker  0.000468142 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10970  SSU ribosomal protein S16P  58.97 
 
 
81 aa  97.4  6e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000033138  unclonable  0.00000000137998 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1378  ribosomal protein S16  58.44 
 
 
81 aa  97.1  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000172433  normal  0.497883 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1712  30S ribosomal protein S16  59.74 
 
 
86 aa  96.3  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  57.14 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  54.67 
 
 
82 aa  95.1  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  61.84 
 
 
117 aa  94.7  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2997  ribosomal protein S16  58.23 
 
 
86 aa  95.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000265446  normal  0.805241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3039  ribosomal protein S16  58.23 
 
 
86 aa  95.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000430382  normal  0.865632 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  63.89 
 
 
89 aa  94.7  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39560  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  94.4  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.768221  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  63.89 
 
 
89 aa  94.7  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1098  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
85 aa  94.7  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00129235  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2055  ribosomal protein S16  54.44 
 
 
89 aa  94.4  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000864984  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3760  30S ribosomal protein S16  59.74 
 
 
88 aa  94.4  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0113592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15970  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 
83 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0228176  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1088  30S ribosomal protein S16  51.58 
 
 
90 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000001932  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1979  30S ribosomal protein S16  51.58 
 
 
90 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  59.21 
 
 
86 aa  93.6  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
81 aa  93.6  8e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 
81 aa  93.6  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0656  ribosomal protein S16  55.29 
 
 
92 aa  92.8  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0001625  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  60 
 
 
82 aa  92.8  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3431  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 
88 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000117102  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3493  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 
88 aa  93.2  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.18951e-29 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2408  30S ribosomal protein S16  53.57 
 
 
81 aa  92.8  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1374  30S ribosomal protein S16  56 
 
 
83 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  60 
 
 
82 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1300  30S ribosomal protein S16  51.76 
 
 
90 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000139404  unclonable  4.2704600000000004e-26 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0804  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 
91 aa  92  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525288  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1416  ribosomal protein S16  59.74 
 
 
82 aa  92.4  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000269941  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2496  30S ribosomal protein S16  51.76 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1297  30S ribosomal protein S16  56.47 
 
 
91 aa  92.8  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000043058  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2260  ribosomal protein S16  62.16 
 
 
80 aa  92.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0142579  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2871  30S ribosomal protein S16  55.84 
 
 
88 aa  92.4  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000408452  hitchhiker  0.000000516516 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1322  30S ribosomal protein S16  56.47 
 
 
91 aa  92.8  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000033965  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
83 aa  92  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3401  30S ribosomal protein S16  56 
 
 
83 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587693 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
82 aa  92  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
82 aa  92  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0968  30S ribosomal protein S16  59.74 
 
 
81 aa  92.4  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000054377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
83 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 
83 aa  91.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1303  ribosomal protein S16  49.4 
 
 
81 aa  91.7  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0170665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>