More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4205 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  100 
 
 		 123 aa  242  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  77.48 
 
 		 123 aa  179  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  76.58 
 
 		 123 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  79.61 
 
 		 124 aa  174  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1079  30S ribosomal protein S16  75 
 
 		 134 aa  164  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0578935  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  73.08 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0069  30S ribosomal protein S16  70.19 
 
 		 120 aa  155  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0915038  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  69.23 
 
 		 134 aa  155  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  69.23 
 
 		 134 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  67.96 
 
 		 201 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  61.98 
 
 		 185 aa  151  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  66.99 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  70.1 
 
 		 122 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  67.68 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  65 
 
 		 120 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  62.75 
 
 		 116 aa  144  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  62.75 
 
 		 116 aa  144  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  65.98 
 
 		 120 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  61.76 
 
 		 116 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  62.5 
 
 		 141 aa  144  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  67.01 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  67.01 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  68.75 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  62.14 
 
 		 121 aa  141  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1405  30S ribosomal protein S16  61.22 
 
 		 145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.321443  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  63.39 
 
 		 152 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  58.25 
 
 		 130 aa  137  3.9999999999999997e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  60.2 
 
 		 107 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  60.2 
 
 		 106 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3276  30S ribosomal protein S16  63.46 
 
 		 113 aa  135  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.256511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  59.38 
 
 		 110 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  60.42 
 
 		 110 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  58.76 
 
 		 124 aa  131  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  56.31 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  53.04 
 
 		 110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2153  30S ribosomal protein S16  56.44 
 
 		 114 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.399128  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  53.91 
 
 		 110 aa  127  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1185  30S ribosomal protein S16  57.94 
 
 		 124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.426225  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2780  30S ribosomal protein S16  52.17 
 
 		 110 aa  124  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  55.21 
 
 		 120 aa  121  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  58.89 
 
 		 122 aa  117  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_002978  WD0798  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 		 106 aa  111  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0123  ribosomal protein S16  60.26 
 
 		 85 aa  104  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.622663  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  58.97 
 
 		 82 aa  102  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1663  30S ribosomal protein S16  49.44 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000254638  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1358  30S ribosomal protein S16  49.41 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000511359  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0129  30S ribosomal protein S16  55.84 
 
 		 87 aa  99  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0192  30S ribosomal protein S16  54.55 
 
 		 87 aa  98.2  3e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1506  30S ribosomal protein S16  48.31 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000148464  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  51.76 
 
 		 91 aa  97.8  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  53.66 
 
 		 86 aa  96.3  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0798  SSU ribosomal protein S16P  51.76 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268891  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  50 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1098  30S ribosomal protein S16  50.57 
 
 		 85 aa  95.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00129235  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  60.87 
 
 		 89 aa  94.7  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  60.87 
 
 		 89 aa  94.7  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2450  30S ribosomal protein S16  50.56 
 
 		 87 aa  94.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000801266  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0688  ribosomal protein S16  50.65 
 
 		 128 aa  94.4  5e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000224694  hitchhiker  0.000468142 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1153  30S ribosomal protein S16  49.41 
 
 		 86 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  92.8  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2871  30S ribosomal protein S16  52.94 
 
 		 88 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000408452  hitchhiker  0.000000516516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  92.8  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3367  ribosomal protein S16  51.85 
 
 		 82 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  92.8  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 81 aa  92.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 83 aa  92.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183798  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  52.56 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1378  ribosomal protein S16  51.25 
 
 		 81 aa  91.3  4e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000172433  normal  0.497883 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1388  SSU ribosomal protein S16P  47.62 
 
 		 85 aa  90.9  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0159057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2920  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 83 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000279747  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  45.24 
 
 		 81 aa  90.9  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0392  ribosomal protein S16  50.65 
 
 		 84 aa  90.5  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 83 aa  90.9  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000121606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2997  ribosomal protein S16  45.68 
 
 		 86 aa  90.5  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000265446  normal  0.805241 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3039  ribosomal protein S16  45.68 
 
 		 86 aa  90.5  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000430382  normal  0.865632 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 82 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 82 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0087  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 86 aa  90.5  8e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1254  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  90.1  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000403035  hitchhiker  0.0000450288 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0073  30S ribosomal protein S16  51.28 
 
 		 86 aa  90.1  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  48.84 
 
 		 86 aa  89.7  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0846  ribosomal protein S16  49.35 
 
 		 84 aa  89.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1328  ribosomal protein S16  47.56 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.519364 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39161  Putative mitochondrial ribosomal protein S16  45.12 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3431  30S ribosomal protein S16  48.24 
 
 		 88 aa  89  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000117102  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10970  SSU ribosomal protein S16P  48.75 
 
 		 81 aa  89.4  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000033138  unclonable  0.00000000137998 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3493  30S ribosomal protein S16  48.24 
 
 		 88 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.18951e-29 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_19103  predicted protein  43.75 
 
 		 102 aa  88.2  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  88.6  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011785  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  47.56 
 
 		 81 aa  88.2  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  47.56 
 
 		 81 aa  88.2  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000457134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  50 
 
 		 83 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000963986  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1629  30S ribosomal protein S16  56.52 
 
 		 181 aa  87.8  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000966466  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0035  ribosomal protein S16  45.12 
 
 		 204 aa  88.2  4e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.173963  normal  0.182146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3763  30S ribosomal protein S16  48.24 
 
 		 88 aa  88.2  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744609  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>