More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0222 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0222  30S ribosomal protein S16  100 
 
 		 110 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.0133225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0367  30S ribosomal protein S16  90.83 
 
 		 110 aa  198  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3579  30S ribosomal protein S16  89.91 
 
 		 110 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41568  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2780  30S ribosomal protein S16  88.99 
 
 		 110 aa  192  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00569729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0509  30S ribosomal protein S16  91.26 
 
 		 107 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0245  30S ribosomal protein S16  91.26 
 
 		 106 aa  190  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0352  30S ribosomal protein S16  90.62 
 
 		 110 aa  177  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.250559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2607  30S ribosomal protein S16  66.33 
 
 		 121 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.152085  normal  0.0124083 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1463  30S ribosomal protein S16  68.75 
 
 		 122 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.190646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  67.71 
 
 		 201 aa  140  9e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2709  30S ribosomal protein S16  63.27 
 
 		 116 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0297256 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1048  30S ribosomal protein S16  63.27 
 
 		 116 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49402  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0181  30S ribosomal protein S16  61.22 
 
 		 116 aa  136  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0348  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 		 130 aa  135  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3752  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 123 aa  136  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1824  30S ribosomal protein S16  64.65 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1756  30S ribosomal protein S16  64.65 
 
 		 134 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  65.62 
 
 		 119 aa  134  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4075  30S ribosomal protein S16  59.09 
 
 		 123 aa  134  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3881  30S ribosomal protein S16  62.5 
 
 		 124 aa  133  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177268  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2888  30S ribosomal protein S16  64.58 
 
 		 119 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1419  ribosomal protein S16  62.89 
 
 		 141 aa  132  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.206604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1079  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0578935  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4205  30S ribosomal protein S16  60.2 
 
 		 123 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.847506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3339  30S ribosomal protein S16  64.65 
 
 		 134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0069  30S ribosomal protein S16  61.62 
 
 		 120 aa  130  3.9999999999999996e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0915038  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2896  SSU ribosomal protein S16P  60.18 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2657  30S ribosomal protein S16  64.58 
 
 		 154 aa  130  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3097  30S ribosomal protein S16  59.6 
 
 		 124 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.458494  normal  0.937059 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0749  30S ribosomal protein S16  58.59 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0632  30S ribosomal protein S16  62.5 
 
 		 120 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1405  30S ribosomal protein S16  58.16 
 
 		 145 aa  127  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.321443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0653  30S ribosomal protein S16  60.42 
 
 		 120 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  0.112542 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0664  30S ribosomal protein S16  60.42 
 
 		 120 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3616  30S ribosomal protein S16  60.42 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4888  ribosomal protein S16  62.77 
 
 		 185 aa  124  5e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3352  30S ribosomal protein S16  61.46 
 
 		 120 aa  123  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.238376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2982  30S ribosomal protein S16  66.67 
 
 		 122 aa  121  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.117081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2153  30S ribosomal protein S16  57 
 
 		 114 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.399128  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3276  30S ribosomal protein S16  54.55 
 
 		 113 aa  115  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.256511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1185  30S ribosomal protein S16  60.64 
 
 		 124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.426225  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 86 aa  100  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  64.94 
 
 		 89 aa  100  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0129  30S ribosomal protein S16  61.04 
 
 		 87 aa  100  6e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.205598  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  64.94 
 
 		 89 aa  100  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0192  30S ribosomal protein S16  58.44 
 
 		 87 aa  99.4  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2855  30S ribosomal protein S16  58.54 
 
 		 86 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.888184  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2476  30S ribosomal protein S16  58.54 
 
 		 86 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  64 
 
 		 83 aa  97.8  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0200  30S ribosomal protein S16  66.2 
 
 		 87 aa  97.1  7e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198975  normal  0.0587542 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1154  30S ribosomal protein S16  59.3 
 
 		 91 aa  96.3  1e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000677791  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0798  30S ribosomal protein S16  55.84 
 
 		 106 aa  95.9  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3770  ribosomal protein S16  60 
 
 		 82 aa  95.9  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000378706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  62.67 
 
 		 83 aa  95.5  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  57.69 
 
 		 82 aa  95.5  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2920  30S ribosomal protein S16  62.67 
 
 		 83 aa  95.9  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000279747  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  46.36 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 83 aa  95.5  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  62.67 
 
 		 83 aa  95.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0786  30S ribosomal protein S16  54.12 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  2.11078e-18  unclonable  1.2360400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1254  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 83 aa  94.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000403035  hitchhiker  0.0000450288 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 83 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000121606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 82 aa  94  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  61.33 
 
 		 82 aa  94  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1577  30S ribosomal protein S16  62.67 
 
 		 83 aa  94  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.473483  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15970  30S ribosomal protein S16  56.96 
 
 		 83 aa  94  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0228176  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2280  30S ribosomal protein S16  56.41 
 
 		 79 aa  93.6  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0111517  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  56.1 
 
 		 86 aa  93.6  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  60 
 
 		 81 aa  93.2  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 82 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 82 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  58.67 
 
 		 117 aa  93.2  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1124  30S ribosomal protein S16  60 
 
 		 82 aa  92.8  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1374  30S ribosomal protein S16  55.7 
 
 		 83 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39560  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.768221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0991  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0194612  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1663  30S ribosomal protein S16  52.94 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000254638  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  51.22 
 
 		 81 aa  91.7  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 83 aa  91.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000111213  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0769  30S ribosomal protein S16  53.66 
 
 		 81 aa  91.7  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000269081  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0392  ribosomal protein S16  57.33 
 
 		 84 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3401  30S ribosomal protein S16  54.67 
 
 		 83 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587693 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2860  ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1462  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.065689  normal  0.177487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3364  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  91.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0117785  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4259  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000963986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1067  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.521683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3203  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  91.3  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00186632  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3228  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  91.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.132458  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000457134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011785  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0882  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 82 aa  91.7  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.256318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  58.67 
 
 		 83 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0466  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 		 86 aa  91.3  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0442  30S ribosomal protein S16  57.33 
 
 		 86 aa  91.3  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0852  30S ribosomal protein S16  63.38 
 
 		 82 aa  91.3  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000804578  hitchhiker  0.000061806 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3016  SSU ribosomal protein S16P  57.69 
 
 		 83 aa  90.9  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00108733  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4157  30S ribosomal protein S16  53.33 
 
 		 83 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29802  normal  0.39086 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0798  SSU ribosomal protein S16P  52.94 
 
 		 96 aa  90.5  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>