More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3236 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3236  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
387 aa  792    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.160834  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.16 
 
 
381 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.35 
 
 
380 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.36 
 
 
401 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00555753  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.97 
 
 
384 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
415 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.7 
 
 
415 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
413 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.07 
 
 
391 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.89 
 
 
389 aa  259  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.24 
 
 
426 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.74 
 
 
407 aa  257  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.04 
 
 
413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.97 
 
 
407 aa  253  6e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.95 
 
 
415 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.73 
 
 
387 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.2 
 
 
375 aa  251  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.4 
 
 
392 aa  250  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.2 
 
 
407 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.87 
 
 
408 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.5 
 
 
394 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
450 aa  249  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.6 
 
 
428 aa  249  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.69 
 
 
430 aa  249  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  36.69 
 
 
425 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.41 
 
 
411 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.27 
 
 
407 aa  248  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.99 
 
 
418 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  37.63 
 
 
406 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  37.66 
 
 
448 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.99 
 
 
418 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
425 aa  247  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.29 
 
 
452 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  36.29 
 
 
401 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
390 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
415 aa  246  6e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
395 aa  246  6e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.61 
 
 
394 aa  246  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.01 
 
 
406 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
395 aa  245  8e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  37.13 
 
 
423 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
433 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  37.43 
 
 
411 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3615  Formyl-CoA transferase  36.8 
 
 
399 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.130892  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.13 
 
 
415 aa  243  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.27 
 
 
419 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.15 
 
 
407 aa  243  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.55 
 
 
406 aa  242  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.55 
 
 
434 aa  242  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.87 
 
 
412 aa  242  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
386 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  35.77 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.77 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  35.77 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  35.77 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.94 
 
 
415 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  35.77 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  35.75 
 
 
393 aa  239  4e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  35.77 
 
 
406 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  35.77 
 
 
381 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
406 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.58 
 
 
412 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
406 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
407 aa  239  6.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
406 aa  239  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
406 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
406 aa  239  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.78 
 
 
426 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
406 aa  239  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
406 aa  239  9e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
416 aa  239  9e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  35.5 
 
 
381 aa  238  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
406 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  35.64 
 
 
407 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  35.5 
 
 
381 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  37.37 
 
 
420 aa  238  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
577 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
406 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.63 
 
 
393 aa  238  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.44 
 
 
406 aa  238  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
544 aa  238  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.94 
 
 
406 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.33 
 
 
384 aa  238  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  33.77 
 
 
568 aa  238  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
406 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.98 
 
 
406 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  35.99 
 
 
422 aa  237  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
406 aa  237  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  35.25 
 
 
406 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  33.95 
 
 
406 aa  236  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.77 
 
 
388 aa  236  5.0000000000000005e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  35.83 
 
 
418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.43 
 
 
406 aa  236  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  35.38 
 
 
407 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.08 
 
 
422 aa  236  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.95 
 
 
433 aa  235  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
399 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.85 
 
 
400 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>