More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6185 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6185  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  644    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  62.62 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  58.88 
 
 		 323 aa  371  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3075  hypothetical protein  61.54 
 
 		 323 aa  344  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.19179 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  59.67 
 
 		 315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  58.03 
 
 		 314 aa  340  2.9999999999999998e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  56.09 
 
 		 314 aa  335  7e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  53.75 
 
 		 316 aa  331  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  54.1 
 
 		 314 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  55.77 
 
 		 314 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  56.09 
 
 		 314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  55.97 
 
 		 314 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  54.95 
 
 		 314 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  54.27 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  51.88 
 
 		 324 aa  301  9e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  48.45 
 
 		 319 aa  295  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  52.86 
 
 		 345 aa  295  9e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  51.55 
 
 		 325 aa  288  9e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  49.32 
 
 		 311 aa  285  5.999999999999999e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  49.66 
 
 		 319 aa  277  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2072  hypothetical protein  49.83 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.809751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  49.83 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3704  hypothetical protein  51.37 
 
 		 328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  48.29 
 
 		 322 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5905  hypothetical protein  43.03 
 
 		 325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.339531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2518  hypothetical protein  47.14 
 
 		 319 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.106324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  48.97 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  45.77 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  47.6 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  45.62 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1234  hypothetical protein  46.39 
 
 		 319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.484921 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  47.24 
 
 		 330 aa  258  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  42.07 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3011  hypothetical protein  46.05 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1237  hypothetical protein  42.86 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.462545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2012  twin-arginine translocation pathway signal  42.24 
 
 		 341 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5058  hypothetical protein  43.17 
 
 		 358 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.354156 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  42.61 
 
 		 336 aa  229  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  38.84 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  40.75 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1395  hypothetical protein  42.96 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0574924  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  40.89 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0998  hypothetical protein  40 
 
 		 333 aa  219  6e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3625  hypothetical protein  38.7 
 
 		 339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4958  hypothetical protein  42.96 
 
 		 319 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  39.04 
 
 		 328 aa  212  5.999999999999999e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2509  hypothetical protein  38.91 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0752263  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  38.7 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  38.7 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00840  hypothetical protein  37.22 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0173913  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1042  hypothetical protein  39.38 
 
 		 329 aa  202  7e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3102  hypothetical protein  36.3 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.571018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0323  hypothetical protein  37.5 
 
 		 331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.789559  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  35.91 
 
 		 346 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6270  putative tricarboxylic transport membrane protein  35.38 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0141318 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3489  hypothetical protein  34.89 
 
 		 324 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  35.26 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  37.04 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  35.14 
 
 		 332 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  32.08 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  32.08 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  33.1 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3123  hypothetical protein  32.3 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2732  hypothetical protein  32.92 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  29.25 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  33.22 
 
 		 321 aa  151  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  32.41 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  32.41 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1971  hypothetical protein  34.27 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.803745  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  31.07 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  28.93 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3435  hypothetical protein  32.48 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.636494  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0925  hypothetical protein  32.48 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.524752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0901  hypothetical protein  32.48 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  31.44 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  29.01 
 
 		 326 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  30.28 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3099  hypothetical protein  32.17 
 
 		 317 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0873  hypothetical protein  32.17 
 
 		 317 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  35.62 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0935  hypothetical protein  31.1 
 
 		 317 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  29.2 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  31.88 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  32 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  29.14 
 
 		 331 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0982  hypothetical protein  30.55 
 
 		 326 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  32.03 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  28.92 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5629  periplasmic tricarboxylate binding receptor (TctC)  28.1 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.699687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  34.45 
 
 		 325 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  28.88 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3975  hypothetical protein  34.15 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2117  hypothetical protein  31.82 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.820451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  32.31 
 
 		 325 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  32.01 
 
 		 325 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  32.2 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  30.79 
 
 		 326 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3213  hypothetical protein  33.21 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.308307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2040  hypothetical protein  32.21 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0456371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2581  hypothetical protein  30.28 
 
 		 323 aa  122  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>