More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3953 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  69.46 
 
 		 305 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 302 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 302 aa  371  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.3 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 298 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 313 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 316 aa  216  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 300 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 292 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.25 
 
 		 289 aa  199  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 307 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.76 
 
 		 295 aa  198  7.999999999999999e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 312 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 342 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 342 aa  195  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  36.12 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 296 aa  193  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 322 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.59 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.44 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 333 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>