More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3536 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
296 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.33 
 
 
294 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.43 
 
 
298 aa  437  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  80.6 
 
 
295 aa  432  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.88 
 
 
294 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.9 
 
 
294 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  72.22 
 
 
301 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.88 
 
 
301 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  65.86 
 
 
300 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.8 
 
 
298 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.83 
 
 
295 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.75 
 
 
297 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.23 
 
 
298 aa  350  1e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
273 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.64 
 
 
273 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  58.22 
 
 
272 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
278 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  57.99 
 
 
278 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.29 
 
 
278 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  48.24 
 
 
296 aa  247  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  45.64 
 
 
281 aa  245  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  37.19 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
283 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.94 
 
 
266 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.53 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  30.45 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.12 
 
 
269 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.21 
 
 
273 aa  96.7  4e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.73 
 
 
256 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
282 aa  96.3  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.63 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.01 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.63 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.33 
 
 
256 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
263 aa  93.6  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.21 
 
 
284 aa  92.4  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  29.51 
 
 
274 aa  92  9e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.27 
 
 
268 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.69 
 
 
276 aa  92  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.27 
 
 
268 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.74 
 
 
266 aa  91.7  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.39 
 
 
266 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.27 
 
 
268 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  27.65 
 
 
260 aa  90.1  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
268 aa  89.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  26.96 
 
 
293 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.5 
 
 
268 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.59 
 
 
256 aa  88.2  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  27.59 
 
 
256 aa  88.6  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.38 
 
 
267 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.34 
 
 
281 aa  88.2  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
267 aa  87  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  26.72 
 
 
256 aa  86.3  5e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  28.06 
 
 
286 aa  86.3  6e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
285 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
285 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
285 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  32.61 
 
 
264 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
264 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  32.61 
 
 
264 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
264 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  27.27 
 
 
285 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  32.61 
 
 
264 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  28.86 
 
 
288 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 
270 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  29.48 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  32.61 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  26.27 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.78 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  26.84 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.1 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  32.25 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  25.91 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.77 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.54 
 
 
275 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.87 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.17 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.97 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  27.21 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
587 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.54 
 
 
270 aa  81.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.29 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.33 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  26.43 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.21 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.45 
 
 
279 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  28.29 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.12 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  28.1 
 
 
284 aa  80.1  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  31.11 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>