More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000458 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  686    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1317  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 318 aa  278  7e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  41.31 
 
 		 318 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0995  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  222  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 298 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  212  9e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.64 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 294 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.03 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.21 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3153  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 289 aa  186  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 355 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  182  9.000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 351 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>